朱厚熜召内阁辅臣在云台觐见，本意就是想要内阁主动提出南巡谒陵的奏议，严嵩如此识趣，让他更为高兴，就说：“严阁老此言甚慰朕心。我大明以孝治天下，朕身为人子，确应生养死葬，四时祭扫，以全孝道，为天下臣民做出表率。那么，就拜托严阁老代拟礼典、祭文，并陪同朕往谒显陵。”
严嵩身为内阁首辅，又兼任礼部尚书，谒陵一应礼仪大典就是他份内之事，而陪同皇上谒陵行祭礼，往往就意味着加官晋爵，他知道皇上是在不动声色地褒奖自己。但是，一则圣驾轻出九重，不免有优游怠政之讥，二来圣驾出行，前呼后拥，浩浩荡荡，也不免有扰民劳民之嫌，照例会有一些不开窍的言官御史、清流词臣上疏劝谏，这些人的矛头自然不敢针对一心要尽孝道的皇上，却会指向提出奏议的内阁和礼部，会带来不少麻烦。为了堵住那些迂腐朝臣、清流士子的嘴，他又动起了脑筋，又俯身在地，说：“微臣谢皇上浩荡天恩。依微臣之愚见，太祖高皇帝孝陵曾陷落逆贼之手，皇上应亦亲往拜谒，以告慰祖宗在天之灵。”
说真的，不是为了要南巡，一来饱览祖国大好河山，二来实地考察江南商贸发展的现状，朱厚熜才不愿意认什么“恭穆献皇帝”、“章圣太后”为父母，严嵩的提议正中他的下怀，忙说：“朕躬德薄，招致天下大乱，江南变色，累及南都陷落逆贼之手，太祖陵寝、圣后梓宫为之不安，实乃不孝之至。朕当然要亲谒孝陵，泣求祖宗恕罪，聊补当日之失德乱政之过于万一……”
在场诸人见他们君臣二人一唱一和，将这么大的一件事就这么轻易说定了，无不怀疑两人早有密议，但皇上泪流满面地演出了这么一场苦情戏，内阁首辅也是老泪纵横，谁还会在这个时候跳出来煞风景？一起俯身在地，齐声说：“圣君孝行，感天动地！”
诚如严嵩所料想的那样，圣驾轻出九重，照例会有文武大臣、言官御史上疏劝谏。但是，明朝以孝治天下，皇上要拜谒自己的祖宗陵寝，以尽人子之孝，这个理由正当得不能再正当；而且，当年的大礼仪之争，为了给自己的父亲争得身后尊荣，皇上和满朝文武对抗了近二十年，其间倒下了多少内阁学士、六部九卿？又杖责罢黜了多少官员？因此，群臣反对谒陵的声浪比去年皇上定策巡幸边镇、观摩“射天狼”军事演习要小许多，反对的理由也不敢说皇上谒陵之举不对，主要集中在时值盛夏，天气炎热，圣驾远行恐龙体不适等等这些枝节问题上，建议皇上先遣一两位大臣、内侍前往拜谒，圣驾改在今秋或明春成行。
朱厚熜也知道，圣驾浩浩荡荡巡幸江南，难免骚扰沿途官府百姓，春种秋收正是农忙之时，这么做就太不合适了，加之已经得到了内阁的支持，他怎么可能再做让步？当即佯装恼怒，厉声责问群臣：“嘉靖二十三年，江南叛乱，南直隶、湖广皆附逆为乱，太祖及皇考陵寝陷落逆贼之手，朕无时不悲痛莫名，却因九州不定、四夷未平，迟迟不能亲往拜谒，泣求祖宗宽恕，已是不孝之至。若因道途遥远、天气炎热之故一推再推，厚熜愧为人子！”
听到皇上说得如此严重，那些上疏劝谏的朝臣们都不由得哆嗦了起来，再也不敢说什么反对的话了。
群臣噤若寒蝉，朱厚熜就趁热打铁，宣布以五军都督府大都督、太师英国公张茂为正使，主持祭礼；内阁首辅、礼部尚书严嵩副之，内阁学士马宪成及大小九卿衙门或堂官或佐贰随行圣驾，前往南京拜谒孝陵，之后移驾湖广安陆，拜谒显陵。京城这边留庄敬太子监国，内阁次辅李春芳暂代首辅，会同阁员徐阶料理国政，小事立决，大事呈报行在圣裁。
朝廷这边，尤其是内阁辅臣谁随行谁留守很好确定——严嵩既是内阁首辅，又兼任礼部尚书，是当然要随行的；次辅李春芳留守京城，是因他分管军务，有协调诸军、节制九边拱卫神京之责；李春芳留守，自然要留徐阶与他一道执掌朝政，而与他同为夏党要员的马宪成就得随圣驾出巡。这也能说得过去，江南三大政：漕政、河政和盐政，说起来都是财政，马宪成这个内阁学士兼户部尚书怎能不随行？
内阁辅臣确定之后，御前办公厅几位秘书，尤其是高拱、严世蕃和张居正三人谁随行谁留守也就很好确定了——严嵩随行，严世蕃就要留在京城，既能帮着皇上监督朝政缺失，更能帮着他爹监视朝中夏党俆党不出乱子；此次南巡，重点要考察江南商贸发展，高拱和张居正这两位日后注定要主宰大明航船破浪前行的人物，就要利用这个机会，好好考察学习了。
不过，几位太监谁随行谁留守，就让朱厚熜颇费了一番脑筋——按他的一贯做法，自己出巡，一定要把对自己最忠心的大伴吕芳留在京城，暗中掌控全局，监视群臣。但是，吕芳是嘉靖帝从湖广安陆带到京城的藩邸旧人，几十年也难得回上一两次老家，怎能不让人家去给老主子兴献王上一柱香？为此，他不得不把司礼监两大太监掌印陈洪和首席秉笔黄锦都留了下来，指望他们合二人之力，打理内廷，监视外朝，确保大明朝局稳定。
以往天子南巡，都是走陆路，连随行官员带护驾御林军，少说也有好几万人，浩浩荡荡一大队人马过境，沿途各省府州县职官司员都要界接界送、提供食宿，百姓还要黄土铺路、香案跪迎，实在是劳民伤财之举。为免扰官劳民之讥，朱厚熜决定，今次谒陵不走陆路，改走水路，自通州乘船沿京杭大运河溯流而上。虽是逆行，龙舟势必会走得很慢，但因夏季运河水丰，加之如今漕运改为冬季启运，漕河上往来的多是商船，虽然也会影响交通，但比之走陆路，开支还是能节省许多。
装点龙舟、准备祭礼所用物品诸事都非同小可，更是半点也马虎不得，但皇上圣议已决，又是拜谒祖宗陵寝这么大的事情，大明王朝的国家机器就得飞快地运转起来，礼部、工部有司前后忙乎了近半个月才算准备停当。六月五日，在三千御林军的护卫下，朱厚熜带着张茂、严嵩、马宪成等几十位随行文武大臣，浩浩荡荡开赴通州，接受了留守京师的官员拜别，自此登船起帆，前往江南。
同日，御前办公厅协办高拱、秘书张居正，锦衣卫副指挥使、北镇抚司镇抚杨尚贤，千户高振东、谢宇翔等人走陆路，前期前往南京。这些天子近臣、锦衣卫太保们为何不随龙舟船队出发，皇上并未明发上谕，大概是派他们去打前站，检查谒陵诸事准备情况。
刚刚走出通州，皇上又派吕芳乘坐小船，到紧随龙舟之后的张茂、严嵩和马宪成三人的坐船上传口谕，言说船行河上，来往很不方便，免了他们早晚请安之礼；内阁转呈公文奏疏，若非万不得已的重大事项，就由三人斟酌拟办，发回内阁施行；沿途驻锚之时，若有地方官员恳请陛见，也由三位朝廷辅弼重臣代为接见。严嵩诚惶诚恐，力谏曰人臣之礼旦夕不可偏废，更不敢僭越代天子料理朝政、接见外臣。张茂和马宪成也都是持同样的观点，甚或当即就要联袂登上龙舟，当面恳请皇上收回成命。
吕芳见三人坚辞不受命，面露难色，犹豫再三，似乎有隐情不便明说。严嵩见状，忙屏退左右。吕芳才悄声对他们说，其实这只是一个说辞，其实皇上是考虑到当年江南叛乱惊动祖宗陵寝，其后处置藩王宗亲也太过忍心，至今数千朱明皇族子孙还流落海外，虽则事出有因，本意是为了大明江山社稷的万世治安，但仍觉得愧对祖宗，于是决定在龙舟上斋戒清修，求得祖宗宽恕。因此举难免招致朝野内外“优游怠政”之讥，又会令人疑心皇上再度改弦更张，重新迷恋修道成仙，是以万不能为旁人所知，若非三位大人都是皇上一向最信得过的耿忠之臣，咱家也不敢随便对三位大人说这些……
当年嘉靖帝尊崇道教，迷恋方术，动辄就要斋戒清修，十天半月乃至一两个月都不理朝政，更不见外臣，张、严、马三位朝廷重臣早已对此见怪不惊，加之探知了皇上内心深处的秘密，就有为君父保密之责，赶紧跪领上谕，并委托吕芳得便处多多劝慰皇上，逆贼辜恩背主，觊觎大位，谋逆倡乱，动摇国基，惊动祖宗陵寝，其罪之大，实难名状。纵然皇上不以国法穷治其罪，他们也必遭天谴，身死非命，更何况皇上只是将他们贬谪充军，远适海外，还准许他们三代之后归国，这已经是浩荡天恩。而皇上膺天明命，即位大宝，宵衣旰食，孜孜求治，施行善政泽被苍生，整饬军备威加四海，中兴伟业之成效昭昭，已为天人同感共知，我大明列祖列宗在天之灵也必定深感欣慰，皇上且不必自责过甚……