李时珍听到皇上这么说，知道皇上有心宽恕海瑞，不顾礼仪地插话道：“皇上圣明，海瑞曾给微臣来信，言说当日实是因为替铜政司所属矿工争取饭食补贴，与南京户部有司官员磨了三天的嘴皮子也谈不下来，心里十分焦虑，见到女儿从男仆手中接饼就发了无明之火。可是，他的女儿虽只有六岁，性格却十分倔强，全家人怎么劝都不听，以致七日之后活活饿毙。他自己事后也懊悔无比更痛心莫名，还为之大病了一场……”
这些始末，南直隶锦衣卫都给皇上做了详细的呈报，这也是朱厚熜为何最终决定宽恕海瑞的一大原因，就慨叹道：“真是有其父必有其女啊！发生这样的千古憾事，真真让朕也为之心痛不已。不过，朕姑且念他尚有悔过之心，人也还年轻，就给他一个改过自新的机会。但是，你要替朕带句话给他——朕能饶得了他一次，却饶不了他再次；能保得了他一时，却保不了他一世！与其日后被朕或后世皇帝杀了，不如朕眼下就将他罢官撤职，永不叙用，或许还能让他既得一善终，又能保全声誉。让他自己掂量着办，如若不能做到，就趁早给朕上呈奏疏辞官滚蛋！天下人都知道，他海瑞是朕一手栽培、不次提拔的人；千秋万代史书中，他海瑞还会是朕一手栽培、不次提拔的人，他若是落得声名狼藉的下场，朕丢不起那个人！”
皇上赦免海瑞了！李时珍不胜欣喜之至，连忙站了起来，说：“微臣代海瑞叩谢浩荡天恩！”
“先不忙着谢，朕让你去，也不只是让你去替朕骂他。他的问题也得给他解决。”朱厚熜叹了口气说：“诚如你刚才所言，海瑞的病根还是出在没有子嗣上。他海门三代单传，承续香火的责任确实重大。可他至今还是孤身一人宦游于外，夫妻一年到头也不见得能团聚一次，如何能有子嗣？你是他的知交，又是我大明的神医，劝他在任所纳个妾，想办法给他求个子嗣。”
皇上以九五之尊，关心一个臣下的家室子嗣问题，固然是人臣难得的荣幸，高拱也不禁为之感动，但听皇上说到这里，身为天子近臣的他忙插话进来，说：“请皇上恕微臣多言之罪，依我大明律法，现任官不得在任所娶妻纳妾……”
朱厚熜没有想到大明朝竟然还有这条规定，其用意顾名思义，大概跟后世的亲属回避制度一样，也算是预防官员**的一条措施。但他却不承认自己不知道，反而强词夺理道：“你高肃卿怎么也成了海瑞那样迂阔不思变通之道的人了？朕当然知道这条规矩。可是，海瑞虽说在贵州铜仁开府建衙，但他应该算是户部的官员，不是地方官，在那里纳个妾又有何不可？若死抠这个规矩，京官只怕在我大明朝都不能娶妻纳妾了，严世蕃上个月才纳了第六房小妻，怎么没有见人说三道四？”
高拱兼任吏部文选司郎中，主管大明官员升迁，怎能不知道海瑞不算是地方官？听皇上这么说，就明白皇上没有明白自己的意思，就苦笑道：“回皇上，严大人是严大人，海瑞是海瑞，他如今正在风口浪尖之上，这个时候纳妾，只怕又会招致官场士林的物议……”
朱厚熜想想觉得高拱的担忧不无道理，便说：“朝野上下、官场士林那么多双眼睛都在盯着他，简直动辄得咎，在这个时候纳妾确实有些不妥，旁人的唾沫星子也能淹死他。那么，肃卿，你说该怎么解决这个问题？”
高拱心中苦笑不已：为皇上着想说出看法，却引火烧身，皇上竟要自己出个主意！皇上和御前办公厅的协办、吏部文选司郎中商议给一个四品官员纳妾续香火，也算是国朝一大奇闻了！不过，为君分忧是臣子的责任，他不得不沉吟着说：“微臣以为，可否请李先生劝海瑞收个丫鬟在房中伺候？等有了子嗣之后，再给她名分，如此既能避人耳目，亦能为海门留下香火。”
朱厚熜来自二十一世纪，十分讨厌封建社会什么“纳妾”、“收通房丫鬟”等等侮辱女性的做法；但是，一来明朝曾有律令明文规定，男子年过四十未有子嗣，必须纳妾，这是现实国情，他不能不尊重历史；二来他自己在宫中游龙戏凤，纵意花丛，忙得不亦乐乎，自然也不好要求臣子做到一夫一妻，便说：“这倒是个办法，就让他这么办吧。”
“皇上……”李时珍面露为难之色，吞吞吐吐地说：“微臣当日也曾这么劝过海瑞，可海瑞言说海老夫人坚决不允，认为承祧海门之人一定要嫡出才可，故此才有屡屡责令他休妻另娶。庶出尚且不可，若是一个身份未定的侍女所生，海老夫人那一关只怕过不去。海瑞事母至孝，定然不敢这么做……”
朱厚熜对海瑞的家事了解的一清二楚，心里早就对海瑞的母亲——那个迂腐顽固的近乎偏执的老太太甚为厌恶，毫不客气地说：“可笑！我朱明皇家立太子以定国本，也只是讲究个‘有嫡立嫡，无嫡立长’，还从未说过非皇后嫡出不可。她一个远在海南蛮荒之地的穷门小户，养个儿子传续海门香火姓字，规矩竟比我朱明皇家册封太子还大！这话说出去，不但无人敢信，朕还可治他个僭越之罪，将他海家满门抄斩！你就这么给他说，忠孝忠孝，‘忠’字既然排在‘孝’字的前面，他海瑞是该听他母亲的，还是该听朕的，让他自己看着办！”
皇上竟然如此蛮不讲理地强人所难，李时珍真有些苦笑不得，但设身处地替自己的好友想想，以海老夫人的固执，兴许也只有抬出皇上的天子威仪才能压服她。说起来，皇上这么做，既使海瑞不致背负“不孝”的罪名，又不致再为子嗣烦恼，也算是两全其美了……
兴许是看出了他的心思，朱厚熜苦笑道：“李先生有所不知，但凡为国为民有用之人，能包容的，朕一定要包容，我大明朝李时珍只有一个，海瑞也只有一个，朕是真心不愿意眼睁睁地看着他身败名裂啊！”
李时珍离座起身，跪了下来，慨然应道：“皇上如天之仁，体惜臣下，微臣一定规劝海瑞改过自新，不负圣心厚望！”
次日早朝时分，大明嘉靖皇帝朱厚熜宣太医院院判李时珍上殿，擢升他为太医院院使，不必到衙理事，专意重修本草，赐名曰《本草纲目》，授“奉旨采药”金牌一面，其上刻有明发上谕，朝廷各部院司寺、天下各省府州县见此金牌如见天子，一应需求尽力满足。对于这样的千古奇闻，满朝文武无不暗自咋舌。
其后，李时珍又遵上谕，从奉调进京的宣府、大同两军医护兵中遴选了二十名身强力壮，能吃苦耐劳，又有一定医学基础的人做为助手，经过短暂的集训和准备，立刻动身前往云贵，开始“奉旨采药”。
自从指使门生房寰上奏疏弹劾海瑞之后，这些天里，内阁首辅严嵩一直忐忑不安。隐忍了五年，他之所以会选择在这个时候报当年的一箭之仇，是因为海瑞当初上疏朝廷为杨继盛鸣冤叫屈，皇上在他的奏疏上批了三个字‘知道了’，然后留中不发。皇上在臣子的奏疏上批示“知道了”，实际含义是此事不值得重视；但留中不发，则表示皇上不喜欢这道奏疏，不想将之公诸于众。严嵩据此料定海瑞的圣眷衰了，这才指使房寰上了那道疏。可是，那么一道分量奇重的奏疏呈进大内，竟也是石沉大海，再没了下文，犹如一记重拳打在了棉花包上，连个水花也没有溅起来，让他心里又发了毛。尽管儿子严世蕃对他说，皇上不但责令南直隶锦衣卫密查此事真伪，听闻奏报之后还摔了茶碗砸了砚台，也未能使他稍微轻松一点。不过，到了这个时候，他才回过味来，原来竟是海瑞的那个知交好友李时珍在皇上面前说了情！
论职位，李时珍不过是个正五品且不必到衙理事的闲差，与严嵩这个从一品的少师、内阁首辅无异天壤之别；论权势，李时珍没有半点权柄在手，严嵩经过这几年不动声色的苦心经营，在朝中势力已能与当年权倾朝野的夏言一党相抗衡。可是，思来想去，严嵩还是决定暂且放过这个多嘴搅了自己报仇大计的李时珍一马——庄敬太子身染沉疴，在这个时候，皇上责令御医李时珍奉旨采药，焉知不是为了治好太子的病？历来权臣再得皇上的宠信，能和皇上的亲生儿子、大明江山社稷的继承人相比吗？耽误了太子的病，皇上追究下来，严家大小三百多颗人头也不够砍！
想到自己这些年里，为国事政务殚精竭虑，十天半月也难得回一次家，在皇上的心目之中分量还不及一个御医，严嵩心中不禁万分沮丧，更涌出一股悲凉，就借口偶感风寒，告病不出。谁知道，皇上当天就移驾严府，坐在他病榻之上，握着他那只布满老人斑的手嘘寒问暖，还嘱咐他安心养病，不必再象以前那样操劳国事。
皇上何曾亲自探望过染疴的臣子？天恩如此浩荡，没有使宦海浮沉几十年的严嵩感动半分，朱厚熜随口说出的那句“安心养病”，却让严嵩顿时毛骨悚然：朝政争斗，向来你死我活，既然海瑞圣眷未衰，那么就是自己圣眷衰了，皇上莫非又起了换马之心！
于是乎，满朝文武都知道了一件令人匪夷所思之事：内阁首辅严嵩本已染病不起，皇上亲至探望，竟使他不药而愈，第二天就能继续到内阁当值理事。这是皇上的圣德巍巍，又有诸神呵护，所以才能福及朝廷辅弼重臣啊！