皱着眉头想了半天，朱厚熜也没有下定决心，就反问道：“肃卿，那依你之见，总参谋部该归于哪个衙门掌管？”
说真的，高拱也感到此事非常棘手，一直不敢具本上奏朝廷也正是因为如此。但皇上既有所问，他也不敢隐瞒自己的观点：“回皇上，这段时日臣一直在思考皇上所说的总参谋部的职权，若以其负责调动、指挥及统管全军操练校阅诸事而论，与兵部职方司倒有几分相近……”
朱厚熜明白，高拱提出这样的建议，自然是出于以文统武的习惯性思维，但确实也是大明军制的实情。
明朝的兵部虽只是六部之一，而且，按吏礼户兵刑工的排序，兵部在六部之中排名还在下半区。但是，其职权范围之大，绝非后世国防部可以比拟，甚至可以说是几乎相当于朱厚熜原来的那个时空的中央军委。其下所设的武选清吏司、职方清吏司、车驾清吏司、武库清吏司四司，简直就相当于中国人民解放军的四大总部。对于四司的优劣，官场中人有段顺口溜形容得最为贴切传神：“武选武选，多恩多怨；武库武库，又闲又福；车驾车驾，不上不下；职方职方，又穷又忙。”
在这四司之中，武选司负责全国武职官员遴选、简任和考功，与吏部文选司一样，权力最重也最为关键，相当于总政治部干部部。武官职位与文官一样，纵然同样品秩的武职也有个轻重肥瘦之分，同样是正二品的总兵官，手握十万大军的九镇总兵自然要比那只管着两三个卫所的中州某省总兵显赫的多，建功立业的机会也多。而谁任要缺谁任闲差，虽需兵部与五军都督府会商酌定，报内阁审议并转呈御览由皇上裁夺决断，却需要武选司根据平日考功记录拿出初步意见——没有武选司优等的考评，凭什么那些贪图享受的武将能从边远省份调到中州繁华之地；那些期待建功立业封公封侯的武将又怎么从内地调到边防九镇？所以，别说是一般武职，即便是二品的都指挥使、三品的京卫指挥使，甚至是那些封公封侯的九边重镇总兵，见了兵部武选司的郎中、员外郎甚至主事也要先行拱手，客客气气地称一声“大人”，平日打点、节庆孝敬，一点都不敢马虎。不过，要缺肥缺必定有限，许了张三便得罪了李四，如此一来，自然是多恩多怨。
武库司负责武器装备管理、调拨和分发，相当于总后勤部。武库司虽无制造之责，却有考究检验各州府缴纳军械质量之权，一点伺候不周，便说所缴军械不合格要拒收。打回重制不但劳神费力，更影响地方官吏的政绩考功。因此，每逢交纳，各州府押送人等无不从武库司的郎中、员外郎到主事甚至属吏，上下打点，指望能安然过关。此外，武库司还掌管着全军的装备分发，各边镇、各卫所申领军械要他们说了才算，不奉上数额不菲的孝敬，即便皇上下旨、兵部堂官发话，武库司也必定能找到各种各样的理由搪塞过去，或者以次充好，随便给上几件已经锈得不成样子的刀枪就把人打发回去。军械好坏直接关系到战争胜负、将士生死，谁敢吝啬那几两银子？所以武库司上上下下油水最为丰厚，兵部也有“三年闲武库，十万雪花银”的说法。
车驾司负责火器、攻城车等重型装备的制造，相当于总装备部。由于其职能与工部兵仗、军器两局重叠，兵工两部之间推委扯皮，皆是由车驾司引起，是一等难缠之事，两部堂官经常把官司打到内阁甚至御前，得罪人不说，还动辄获罪得咎，成了堂官们争斗的替罪羊。不过，车驾司因有大笔的研发经费在手，白花花的银子水泼似的从手边过，纵是百般自守清廉，多多少少也能分得一杯羹，所以是兵部除了武库司之外的一大肥缺，也算是有所失必有所得。因此，车驾司才有“不上不下”的说法。
职方司负责全军调动、训练、校阅及军队编成、调动等重要事宜，相当于总参谋部。由于职方司要经常巡视边镇和各地卫所，经年累月顶风冒雪奔波劳顿，才能换得那少得可怜的几两仪程的辛苦钱，哪里比得上武选、武库和车驾三司官员坐在安逸舒适的衙门里喝着茶扯着闲篇收银子那么爽？此外，边境一旦有事，职方司还要审阅九边重镇火速上呈的作战方略，确定打不打、如何打，肩上的责任十分重大。但是，打胜了是兵部堂官和九边督抚、将帅的功劳，人家升官发财、封妻荫子，他们顶多能讨口汤喝；打败了却要承担责任，罢官充军、抄家灭族都有可能。说起来，职方司职责之重、权力之大，在兵部四司之中，大概也只有武选司可以与之相提并论，从郎中到主事终日忙得不亦乐乎，却实实在在是“又穷又忙”。
又反复斟酌了一会儿，朱厚熜才下定了决心，还是向明朝以文统武的朝廷规制、祖宗家法和传统观念妥协，点头道：“你想的不错，职方司职责范围确实与朕心中构想的总参谋部职能大致相当，可见你是经过了深思熟虑的。那么，依你之见，若是总参谋部归由兵部掌管，总参谋长一职由谁出任较为适宜？”
御前办公厅职能与内阁相近，也是皇上的顾问机构，尤其是收回了司礼监批红大权之后，两位办公厅协办高拱和严世蕃，甚至包括那些还只是未曾实授官职的翰林院庶吉士的办公厅秘书们，更成了皇上的机要秘书。朱厚熜经常就各项军国政务征询他们的意见，还明确要求他们畅所欲言。因此，高拱也并不矫情地以自己不敢在朝廷人事安排上随意置喙为理由逊谢，回答道：“回皇上，臣以为营团军监军杨博可堪当此大任。”
这个建议也甚为适当。杨博在就任营团军监军之前，便是兵部职方司正五品郎中，国朝青年文官之中，论军事素养，大概没有人能与他相提并论；加之高拱奉旨南下主持闽粤两省废弛海禁开办海市之后，他接任营团军监军，在平定江南叛乱之战中与戚继光密切配合，力劈徐州坚城，打开了全军南下的通道，其后又挥军强渡长江，为王师不战而下南京立下了汗马功劳，显示出了卓越的指挥才能和协调能力，由他出任明军总参谋长确实最为合适。
朱厚熜沉吟着说：“杨博的确是总参谋长的上佳人选。他是嘉靖八年的进士，曾在兵部任职近十年，历任职方司主事、员外郎和郎中，在平叛之役中又有大功，升侍郎资历也够了。若是李阁老、曾部堂没有异议，这事大致就这么定了。”
略微停顿了一下，朱厚熜又说：“设置总参谋部一事关于我大明整军备武之大计，非同小可，你该与李阁老、曾部堂并有司官员仔细商议酌定，拿出详细的章程出来，再征询张老国公、朱老国公等军中硕勋的意见，而后由朕看过颁旨允行。朕的意思，既是总参谋部，不再是那又穷又忙的职方司，品秩便要与兵工总署、军需供应总署相等，总参谋长也挂正三品兵部侍郎衔，以兵部堂官的名义发布命令，那些九边督抚、总兵才不会等闲视之。”
朱厚熜这么做可不仅仅只是为了抬高总参谋部的地位，构建起明军四总部的架构，还有一层不好明说的原因，就是为了补偿杨博——平叛王师一路高歌猛进，势如破竹，以摧枯拉朽之势一举剿平了江南叛乱，八十万叛军望风披靡，南京、凤阳两都不战而降，平叛军各位将士居功甚伟，尤其是作为全军先锋的营团军，力劈坚城徐州，打开全军南下的通道；其后又更是功勋卓著。可是，由于南直隶倡乱造叛的魏国公徐宏君、信国公汤正中和诚意伯刘计成三位首犯逃遁，未能收取全功，朝廷也不好给平叛军各位有功之人加官进爵，如今将杨博升任侍郎，也算是略为补偿了。
皇上起意要设立总参谋部，高拱便料想会有此节，因而也不惊诧，躬身应道：“臣遵旨。”
朱厚熜又说：“兵部设立总参谋部之后，在各军也可设置参谋部，甚或可在东海舰队先行一步作为试点，组建参谋部，以徐渭为参谋长，辅佐元敬执掌、指挥东海舰队，也就不必扰乱朝廷官制，如元敬奏疏中奏请的那样，将他改授军职了。肃卿，你意下如何？”
“微臣不知如东海舰队参谋部是几等衙门，参谋长是何品秩，恳请皇上予以明示。”
朱厚熜笑道：“朕就知道你高拱高肃卿还有此问。朕以为，参谋长为一军主将掌管、调动及指挥所部不可或缺的重要助手，主将有事则由参谋长代掌全军，战时还有指挥全军之责。以此而论，品秩也不宜过低，如东海舰队这等三品卫指挥使司建制的军队，参谋长就应是五品。”
高拱颇为踌躇了一番，才说：“诚如皇上所言，参谋长之职责任重大，徐渭虽通晓兵略，确有大才，但资历太浅，尚不足以担此大任，臣以为可委其为东海舰队参谋，另择资深望重之人出任参谋长，如此则较为适宜。”