戚继光的奏疏中不吝笔墨，褒扬了东海舰队七品经历官徐渭献策破敌之功，恳请朝廷将其改授武职，任东海舰队从五品镇抚，掌管全军文书、刑罚、功赏、调度诸事，处理完了正经的公事，使朱厚熜又想起了自己当日曾与戚继光等人说到“徐渭天生就是一个参谋长的苗子”，便问高拱：“肃卿，朕让你得空查一查参谋的来历，你可查到？考虑得怎么样了？”
高拱应道：“回皇上，臣遍翻了典籍史册，又请教了五府、兵部有司官员，大致有了一点眉目，欲仔细斟酌之后，再草具一疏呈送御览。”
“哦？”朱厚熜忙说：“快说来听听。”
“参谋一职只见于李唐官制，其职责是在朝廷兵府及诸道元帅府中筹划军机。玄宗以后，边镇各节度使均编有参谋一职。其余诸朝皆未有所闻。不过，据皇上所说参谋及参谋长之职责，臣以为与古之所谓军师、长史、参军等职颇为相近，不知对否，恳请皇上明示。”
朱厚熜点点头：“大致不差。你不必客气，尽管说下去。”
“谢皇上！”高拱说：“商纣无道，周武起而伐之，拜太公姜尚为‘师尚父’，统领六军，军师由此而始。春秋战国之时，各诸侯国皆有军师，有名者如吴国之孙子、齐国之孙膑、鲁国之曹刿等，佐君治平，策兵伐谋，赫赫功勋，史不绝书。至先秦始皇帝一统六国，于边军中设置‘长史’一职，位虽在统军大将之下，不及前代军师那般尊荣显赫，职权却一般无二。汉承秦制，仍有长史之职。至汉末三国，又复设军师，如蜀汉有诸葛孔明为正军师、凤雏庞统副之；曹魏军中军师更是人数众多、名目繁杂，有中军师及前、后、左、右军师之分。两晋以后，军中始设‘参军’一职，辅佐统军将帅及军师。至隋文帝开皇元年之后，12府军将军府中长史以下，普遍设录事、功、仓、兵、骑等曹的参军和铠曹的行参军，少则十数人，多则数十人……”
在军中设参谋长、参谋原本只是朱厚熜的一个想法，他也认为参谋长等若军师，大不了换个名字操练出来也就能说的过去，但要成制度并列为军队正规编制，却不一定能为明朝人所接受，所以才让高拱为自己找历史依据。此刻听高拱说的头头是道，不禁大为高兴，笑道：“不错，这就是朕对你所说的参谋班子的雏形。隋朝12府军将军府中的录事、功、仓、兵、骑等曹的参军和铠曹的行参军职责分工大致都有哪些？是否和朕与你所说的参谋部各参谋的分工大致相同？”
“是，皇上！”高拱说：“不过，隋朝12府军将军府中的参军和行参军虽较前代已齐备，但分工还是较为粗略，不如太公姜尚所述那样清晰明了。”
朱厚熜大吃一惊：难道说早在两三千年前的商周时代，姜太公就有关于参谋部分工的论述了？更加来了兴趣，忙说：“快细细说给朕听。”
“太公姜尚《六韬》有云‘凡举兵师，以将为命，将有股肱羽翼72人’，在这72人之中，有腹心1人、谋士5人、天文3人、地利3人、兵法9人、通粮4人、奋威4人、伏旗鼓3人、股肱4人、通才2人、权士3人、耳目7人、爪牙5人、羽翼4人、游士8人、术士2人、方士3人、算法2人。”高拱说：“臣仔细思量，腹心大致等若皇上所说的参谋长；而谋士、天文诸人，大致等若皇上所说的参谋部中，自参谋长以下，分管谋策、兵法、侦察、通信、气象、粮秣、警卫等职责的参谋人员……”
朱厚熜慨叹道：“如今军中既有步战之卒，又有骑军，还有火器营，以将帅一人之力指挥全军作战，难免顾此失彼，朕才起意在军中设置参谋部，以参谋长率诸多参谋协助军中大将。朕还以为这是朕的神思偶得，却不曾想其实太公姜尚论述的比朕还要清楚，还有工程、医药、宣传、财务等专职参谋，分工如此详细齐备，是朕也没有想到的。敢笑古人不及今人啊！”
一旁的严世蕃听高拱在御前侃侃而谈，皇上也听得兴致勃勃，心里不禁酸溜溜的，赶紧抓住这个机会插话道：“请皇上恕微臣斗胆放言，太公姜尚只论行军作战之术，皇上论的却是治军备武之道，两者不可同日而语。譬如皇上所说的在五府或兵部设总参谋部，并置总参谋长一职，便是前所未有之创举。”
皇上命自己查找参谋的出处，高拱便知道，皇上是对前些年提出各项新政动辄招致朝野上下非议，更惹出诸多祸变之事而心有余悸，如今虑事行政无不小心谨慎，要推出某些重大的革新举措，一般都要找出前朝旧制来堵住那些因循守旧的朝臣清流们的嘴。因此，严世蕃的这个马屁虽说是为了讨皇上的高兴，可拍得不是地方，便微微一笑，说：“皇上曾引太上道君箴言‘吾有三德，曰慈，曰俭，曰不敢为天下先。’宣谕诸臣工，微臣深以为然。即便在五府或兵部设立总参谋部，并置总参谋长一职，其称谓虽未曾见诸典籍史册，然论其职责，与之近似的官衙却非绝无仅有。如五代之时后梁便设有崇政院，后唐亦设有枢密院，参与谋划朝廷军机大事。崇政院与枢密院，等若皇上所谓之总参谋部，尤其是后唐枢密院主官称枢密使，职责更等若总参谋长。赵宋将枢密使改称枢密院长官；蒙元沿袭宋制，并于各道增设行枢密院，又等若皇上所拟在禁军及各边镇设置的参谋部。”
果然，朱厚熜确实担忧自己的标新立异之举惹出麻烦，听高拱说连总参谋部、总参谋长和各级参谋部都有历史依据，大为高兴：“哈哈，想不到朕竟与古人心意相通。那么，就效法前朝旧制，在我大明设置总参谋部，在禁军、九边重镇及东海舰队设置参谋部，你们觉得如何？”
高拱和严世蕃心里一哂：国人所谓前朝旧制，一般都指本朝的列位先帝定下的各项律法规制，但皇上如今信奉“拿来主义”，管他是哪朝哪代，只要符合自己心意，就不妨拿来一用，实在有些太过于投机取巧了。不过，见皇上如此兴致勃勃，别说是他们这些天子近臣、御前办公厅的秘书，就算是换作外面的那些内阁辅臣、六部堂官，大概也都不敢在这个时候和皇上较真。
见高拱和严世蕃均赞同此议，朱厚熜就说：“那么，肃卿，就由你按朕与你谈过多次的思路，尽快整理出来呈给朕。”
“臣谨领圣谕。”高拱说：“只是，总参谋部当设于兵部还是五府，臣尚有疑问，恳请皇上明示。”
高拱不愧是治政大才，一问就问到了要害之处，这个问题不但涉及到五军都督府与兵部的职权划分，更涉及到从宋朝一直沿袭到明朝的“以文统武”这一根本的建军思想。也正因如此，朱厚熜才一直犹豫不决。
明太祖朱元璋兴兵开国之时，因临阵易帅导致大将谢再兴投敌，于洪武初年将前元枢密院改为大都督府，节制中外诸军事；后来担心大都督府事权太重，于洪武十三年又将大都督府拆分为中、左、右、前、后五军都督府，各领所属都指挥使司和卫所，并将军权分置诸多衙门，互相配合却也互为擎肘，自此，简称“五府”的五军都督府便与兵部成了一对相互牵制的冤家，比如说军队配备调动等军令及军官升迁罢黜之权在兵部，兵部却无权指挥军队；五军都督府虽掌军籍、军政，统御一十七个省府都指挥使司、京卫指挥使司和三百二十九个卫、六十五个守御千户所，于名义上掌管全**马，平日却并不直接统率军队，朝廷有事，都督府长官凭诏书和兵部调兵命令，奉令出为将军总兵官，召集各卫所军队，指挥作战，事定便将军队归还朝廷，再按各自来路分驻各卫所。此外，各地不但有文官出身的总督、巡抚掌管、指挥辖区所有军队，各军之中还有御史、给事中甚至太监出任监军，掌控全军、监视统兵将帅。这样的作法使得明军上上下下将不知兵，兵不识将，虽能避免各级统军将帅挟兵自用，重蹈唐代藩镇割据、不尊朝廷号令之祸，却大大地损害了军队的战力。永乐年间，明成祖朱棣为北征蒙古诸部，在京师设立南北大营，以将将兵，平日操练与战时指挥合二为一，算是想出了一条权宜之计，却未能从根本上解决这个问题，南北大营也是设了又罢，罢了又设，折腾了一百多年仍未消停，直至朱厚熜借着抗击鞑靼入侵和平定江南叛乱，抽调各地卫所军的精锐之师，辅之以招募大批流亡百姓从征入伍，在京师组建了禁军，才稍微缓解了这个矛盾。
但是，以文统武的观念根深蒂固，绝非组建一支禁军所能改易的，朱厚熜轻易也不敢去捅这个马蜂窝。因此，总参谋部到底该由五军都督府掌管，还是该由兵部掌管，便成为一个让他十分头疼的问题——照他原来的想法，象总参谋部这样的军事指挥机关，应该划由五军都督府掌管；明军总参谋长也应该由一位职业军人而非文官出任。可是，军令由兵部掌管，总参谋部若不能调动、指挥军队，还叫什么总参谋部？