正如严嵩所料，皇上要将参与谋逆的藩王宗室全部依律论罪，明正典刑的圣意，如同在金銮殿起了一声炸雷，满朝文武惊惧不已，俯阙痛哭，恳请皇上看在太祖高皇帝、成祖文皇帝及列祖列宗的面子上，对那些天潢贵胄法外施恩，以全天家亲亲之谊，并慰天下士心人望。
更有甚者，几位品秩较低，只能恭立在殿门之外的低级官员不顾礼仪，也不惧怕守卫殿门的大汉将军的阻挠，冲出班队，一边嚎叫着太祖高皇帝的庙号，一边将头在金銮殿外的石阶上磕得“咚咚”作响。
为了达到最终的目的，戏还得继续演下去，御座上的朱厚熜厉声发出了怒吼：“《大明律》载有明文，谋逆乃是十大不赦之罪之首，你们要朕对那些参与谋逆的藩王宗室法外施恩，又将太祖御制的《大明律》置之于何地？！”
就在君臣僵持不下，朱厚熜作势要调镇抚司缇骑校尉拿人之时，严嵩出班，跪倒在地，将朝笏挡在面前，大声说：“臣，武英殿大学士、礼部尚书严嵩启奏万岁，益逆及其他藩王宗室无论有无谋逆、欺君之情事，实不可一日见容于尧舜之世。惟是如今江南初定，民心思安，臣伏乞陛下俯允群臣所请，赦其死罪。”
终于有内阁辅弼重臣出面抗谏了！朝臣们的心中同声称赞：看不出来，一向奸佞柔媚的严分宜竟也有这等风骨。于是都屏住了呼吸，喧闹的朝堂一下子又变得十分寂静。
寂静声中，严嵩开始陈诉改易《宗人法》的主张。他的声音端正平和，仿佛是在议论一件很不起眼的小事，却又象是一阵惊雷，将朝臣们都砸懵了：且不说祸延全天下的皇室宗亲是否妥当，单是将参与谋逆的藩王宗室远适海外，就是一件匪夷所思之事——根据《大明律》，囚犯发配共分安置、迁徙、口外为民和充军四种；而最重的充军又分为四等，最轻一等是沿海卫；上一等是远边卫；再上一等是烟瘴边；最高一等是极边。但所谓极边，也都还在建有边哨卫所的大明疆域之内，这“远适海外”到底算是怎么一回事啊？
大多数人还在诧异间，个别人几乎按耐不住要出班驳斥抗谏了，就见其他三大阁员跟着一起跪了下来，奏请皇上“伏允严阁老所请”，还说只要准了严嵩所奏，则“家国幸甚，臣等幸甚”。
所有的人都傻眼了：向来波诡云诿的内阁、向来明争暗斗的内阁辅弼重臣何时变得如此和衷共济了？
这个时候，吏部右侍郎欧阳必进、都察院左副都御史高耀、通政使司右通政赵文华、大理寺丞严世蕃等人带头跪了下来：“臣等恭请吾皇伏允严阁老所请！”
四大阁员，包括严党诸位要员一起上奏，造成了很大的声势，满朝文武都为之耸然动容，但心里却又都是一凛：内阁辅臣，尤其是严党如此大张旗鼓、不加掩饰地集体上奏，实在与常理不符，更有围攻胁迫圣驾之嫌，莫非他们竟不怕被人扣上一顶“强君胁众，狂悖妄行”的罪名？
看着端坐御座上虽然深锁眉头，却没有因此而勃然不怒的皇上，许多人心里不禁起了疑惑，又似乎明白了一点什么。
对抗内阁即是对抗朝廷，何况还有那高高在上，刻薄寡恩、喜怒无常的皇上！那几个已经迈出一条腿的朝臣又悄悄地把腿收了回来，和大家一样低着头，开始在心中紧张地思量、盘算起来。
只犹豫了短短的一刻，夏言的同乡、刑部尚书许炝，翟銮的门生、大理寺卿刘封两位大小九卿几乎同时出班跪了下来：“臣等恭请吾皇伏允阁臣所请！”
接着，朝堂之上的所有人都一齐跪了下来：“臣等恭请吾皇伏允阁臣所请！”
做足了戏，朱厚熜便不再矜持，“勉为其难”地接受了首辅严嵩和全体内阁辅臣，乃至满朝文武的奏议，着其即行拟出条陈，颁行天下。随即立即宣布退朝，丢下了一帮或喜形于色或面面相觑的朝臣，扬长而去。
尽管几乎所有的朝臣对于那些骄横不法、作恶多端的藩王宗室并无好感，但此事毕竟关乎大明祖制、太祖血脉，在接下来的几天里，还是有多人上疏驳奏，声言此事与国家法度和祖宗家法不符，其中言辞最为激烈的是除了刚刚被平叛军礼送回京，已双双升任翰林院从五品侍讲学士的赵鼎和齐汉生两人之外，还有一位青年官员赵贞吉，他是徐阶于嘉靖十七年任会试考官时取中的进士，庶吉士散馆之后任翰林院正七品编修，去年才升任国子监正六品司业。
经历了去年那场旷日持久的新政之争，朱厚熜算是见识到了那些一心想着谏言立德、致君尧舜，又年轻气盛的言官词臣的风骨，对他们爱也不是，恨也不是，更是没有办法，只好将他们的奏疏都留中不发，吩咐各位内阁辅臣“看好自己的门，管好自己的人”。不用说，那些青年官员都无一例外地受到了宗师座主的呵斥，他们固然心意难平，但也不好公然忤逆圣心师意，闹腾了一阵子也就平息了下来。
所谓“圣天子明见万里”，朱厚熜在苦心孤诣地谋划变革《宗人法》，将那些名为社稷藩篱，实为国之巨蠹的藩王宗室变废为宝的同时，也不忘安抚远在南京的张茂、陈世昌和吕芳三人，特下手札曰：“行百里而半九十，张、陈、吕是也！事已至此，请罪何用，不若好生替朕抚定江南，也好将功折罪。”
这段时间，张茂、陈世昌和吕芳三人率平叛军主力驻守南京，加紧办理接收诸事，并四处搜捕漏网逆臣。南都各有司衙门职官属吏及守备诸军兵将皆安分守己，接收诸事顺利，未起一点纷乱；更抓获了前南京守备副使、被伪明朝廷特加五军都督府左副都督衔的靖难军主帅高得功和前江防提督、特加五军都督府右副都督衔的副帅黄定国两人。魏国公徐宏君、信国公汤正中和诚意伯刘计成三位造逆倡乱的勋臣逃匿之后，这两位官居一品的军中大将就算是首要重犯了，张茂他们如获至宝，赶紧将两人槛送京师。尽管如此，毕竟高得功和黄定国的分量不可与三位勋臣同日而语，张茂、陈世昌和吕芳三人仍提心吊胆，终日惶恐不安。
接到这样虽有责备之意，却又不失戏谑的上谕，张茂、陈世昌和吕芳三人悬了许久的心才终于踏实了。斯时江南叛军大部闻风而降，安思达、杨士冲两家土司也带着驻守郴州、漳州、广信、温州一线的南蛮异族兵马仓皇逃回广西、云南，只有少数游兵散勇沦为强盗，啸聚山林。前军营团军与困守常州的江南游击军会合之后，统归俞大猷指挥，正星夜兼程，南下浙江、湖广，与福建、广东两省卫所军联合扫荡，江南已无大的战事。他们就按照原定的方略，由陈世昌和吕芳率左军留驻南京处理善后及安抚百姓诸事；张茂率中军、右军和后军回师淮扬，围歼目前仍盘踞在中都凤阳的前凤庐总兵，被伪明朝廷特加五军都督府右副都督衔委为靖难军副帅的李明博所部。
兵败徐州，李明博知道自己一定会被南都把持朝政的勋臣贵戚当成替罪羊，不敢回撤江南，而是收容残部逃回了老窝凤阳。平叛军没有把他们区区几万人放在眼里，大军渡过淮河之后，只留下右军一部监视、牵制凤阳、淮安之敌，主力一路南下，直取南京。这一战略部署，与当年明成祖朱棣起兵靖难如出一辙，果然收取全功。
大军压境，战不能战，守不能守，李明博见大势已去，遂于嘉靖二十四年十二月初八自缚请降。至此，这场持续一年有余、席卷南直隶、浙江、湖广等江南一京三省，并波及北直隶、福建、广东、广西、贵州、四川、山东、河南等一京七省的叛乱终于宣告平定。
早已等的迫不及待的礼部和司礼监奏请皇上，将午门献俘大典的日子定在了嘉靖二十五年元日。三法司连夜突击审讯，将参与江南叛乱的逆臣论罪定谳，二品以上大员分别处以灭三族、灭一族、凌迟、诛戮、弃市等刑，罪员家属和其他中低级官员、军将杖责之后远戍边外。
报至御前，朱厚熜首先勾去了指派弟子作法厌胜帮助叛军守城的龙虎山张真人的名字，批曰：“方外之人，涉足红尘已是不祥。不祥之人自有天谴，天既谴之，朕就不谴了。”
接着，又勾去了前益王府长史、伪明朝廷挂礼部尚书衔翰林院掌院学士史梦泽，批曰：“秀才造反，三年不成；迂腐书生，空谈误国。惟其有才，朕不忍伤国朝斯文元气，姑且容之，到国子监教书去。”
赦免了宗教界和学林著名人士之后，就在要将公本发还内阁拟**施行的前一刻，朱厚熜又灵机一动，将所有人的名字全部勾去，批曰：“谋逆倡乱，罪不容诛。然上天有好生之德，姑且留其性命，迁徙其族与藩王宗亲一并远适海外。若三代无有作奸犯科者，赦其还乡，归葬故里。”
谋逆之人不能明正典刑以儆效尤，令朝臣颇有微词，但生不得适其国，死不得入祖坟，也算是很重的惩罚了，他们也不好指责皇上滥施天恩。
嘉靖二十五年元日，筹备许久的午门献俘大典如期举行，平叛军主帅、太师英国公张茂率军，押着一队队的俘虏从前门经千步廊、承天门、端门至午门，沿途禁军森严，刀枪林立，阵阵呼喝之声如山鸣谷应。御座设在午门城楼上，朱厚熜身穿华美的章服端坐其上，身披明光铠、手持金瓜、斧钺、龙刀、凤剑的大汉将军从城楼下一直排到午门，那凛然至尊的天威不但使一干乱臣贼子魂魄俱丧，文武百官也不寒而栗，情不自禁地俯身在地，发出由衷的呼喊：“吾皇万岁万岁万万岁！”
就在这一片山呼“万岁”的声音之中，侍立在皇上左右两边的严嵩、李春芳等四大阁员仿佛听见皇上喃喃地说了一句：“终于熬出头了……”
短短一句话，这两年来变乱迭起、朝局激荡的一幕幕奇祸惨变顿时浮现在四大阁员的眼前，严嵩带头，其他三人也跟着一起跪了下来：“仰赖祖宗神灵护佑，更托皇上如天之德，我大明依旧如日中天！”