袁应泰败亡，辽沈失陷之后，朝廷以辽东巡抚薛国用接任袁应泰任经略，提升参议王化贞接替薛国用任辽东巡抚。
但是薛国用并不能为国所用，因为他身体不行，处于病休状态，实际上主持工作的是巡抚王化贞，王化贞水平一般，但却敢于任事，工作积极性很高。
朝廷反思辽沈大败的原因，一部分人认为这是撤换熊廷弼的结果，如果当初没有撤换熊廷弼，可能就不会出现这种局面。天启认为这种观点有一定道理，他处分了曾经弹劾熊廷弼的姚宗文等人，重新启用熊廷弼代替病重的薛国用出任辽东经略。
由于前任经略不能任事，本来应该呆在后方的巡抚王化贞走到了台前，驻在广宁，实际上行使着经略的职权。熊廷弼上任后，王化贞毫无自知之明，摆出一副舍我其谁的样子，依然我行我素。
一山不容二虎，由于王化贞越柤代疱，经抚之间产生了角色冲突。更要命的是，此时朝中两党斗得正欢，无孔不入的党争很快影响到了辽东战场，熊廷弼和王化贞分别得到不同党派的支持，这加剧了两者之间的矛盾，两人关系势如水火。
在战略布局上，两者各有一套，谁也说服不了谁。
在防守上，王化贞打算以辽河为前线，沿着辽河在设六个营，每个营设一名参将，二名守备，分守要害之处。
熊廷弼对此不以为然。
他认为辽河很窄，难以为恃，把军队分驻河上，形不成合力，一旦敌兵派轻骑偷渡，进攻一营，一营的兵力难以敌挡，一营溃败就会造成连锁反应，引起其他各营甚至河西地区各军事设施的溃败。
因此，他主张厚积兵力驻守广宁城，在河上设置少量的游徼兵，进行刺探预警，从辽河至广宁一带多设置烽火台，以传递预警消息。
单从防守的角度看，熊廷弼的部署无疑更加牢靠长久。但是熊廷弼忽略了一个问题，那就是明朝不仅仅要防守，还要伺机反攻，按照熊廷弼的部署，完全处于守势，放弃了主动权，那就不用进攻了。
其实熊廷弼也不是不进攻，作为经略，不可能没有一套恢复失地的打算，否则怎么向皇上交待。
熊廷弼提出了一个进攻方案，叫做三方布置策，简而言之就是要从三个方面谋划进攻。6路一个方面，从广宁；水路两个方面，一个是从天津，一个从登莱。在登莱增设巡抚，在山海特设经略，由熊廷弼自己驻守，并节制三方，统一事权。
个人认为，熊廷弼这个进攻方略，基本上是纸上谈兵，空洞无物，根本行不通。
用水师进攻后金的铁骑，水师能不能上岸都成问题，上了岸顶多也就是步兵，根本无法对骑兵构成威胁。就好比拿肚皮去打别人的拳头，纯属没事找死型。
从这个方案中我们还可以看出，熊廷弼自己躲在山海关后方，而让辽东巡抚、天津巡抚、登莱巡抚冲在前面，自己只负责“节制”，一旦有功，功归自己，一旦有误，三位巡抚各负其责。
其实熊廷弼自己也知道，天津、登莱二巡抚根本指望不上，他们不过是用来制约辽东巡抚的工具而己，对于辽东巡抚来讲，活你一定要干，但功不能你一个人独占。
这就是文人带兵的弊端，他们往往从权谋的角度考虑问题，用一个漂亮但外行的军事计划来掩盖其自私自利的目的。
以文制武，是明代的一项军事制度，这也是明朝后期文武关系紧张，武将尾大不掉，向军阀化展的原因。当然也是明朝灭亡的原因之一。
熊廷弼与王化贞分歧之大，就连利用外援这件事上也各执一词。王化贞与蒙古关系不错，希望联合蒙古攻打后金。而熊廷弼寄望于联络朝鲜，他推荐监军副使梁之垣出使朝鲜，劝说朝鲜兵。
正在这时，在辽沈战役后败逃朝鲜的毛文龙在皮岛开辟出一块根据地，他成功策反了投降后金，并为后金镇守镇江的陈良策，带兵袭取了镇江。
王化贞将此事作为大捷报告朝廷，一直笼罩在失败阴影里的天启和朝臣们闻讯十分高兴，应王化贞之请，朝廷授予毛文龙总兵之职，并设军镇于皮岛。
熊廷弼却一点也高兴不起来，他指责毛文龙过早地暴露目标，影响了战略意图，是因小失大，他说：“三方兵力未集，文龙之太早，乱三方并进之谋，误属国联络之计。”
然而朝廷对于熊廷弼的批评不以为然，大多数人都倾向于支持王化贞，天启赐予王化贞尚方宝剑，准许他“便宜行事”。兵部尚书张鹤鸣更是撇开熊廷弼，直接于王化贞合作。熊廷弼对此极为不满，他抱怨道：“我是辽东经略，四方援兵应该归我指挥，张鹤鸣竟自己调遣，不让我知道，我向兵部咨询调兵之数，兵部也不告诉我，我有经略之名，没有经略之实，辽东的事，你们看着办吧。”
张鹤鸣则认为熊廷弼不应该躲在山海关后方。到了冬季辽河结冰，正是后金骑兵渡河攻击的好时候，河西人心浮动，很多人打算后撤，在这个危险的关口，他建议皇上命令熊廷弼出关到广宁前线策应王化贞，以稳定人心。
熊廷弼上书皇帝抱怨道：“张鹤鸣只知道经略一出，可以稳定人心，可是他不知道，一个手里没兵的经略一出，不仅不能稳定人心，而且更加动摇人心。要是我驻在广宁，巡抚驻在什么地方呢？张鹤鸣要求我和王化贞同心合力，难道他就不应该与我同心合力吗？我想好了，只有张鹤鸣俯同于我，我才能为皇上您去做辽东的事情。”
此外，熊廷弼还将自己受到排挤的原因归咎于朝廷的门户之争，认为朝中的言官、兵部官员和内阁大臣出于门户支持王化贞，是造成经抚不和的主要原因。
大敌当前，经抚不和的问题日益突出，对于国家来说，这实在不是什么好兆头。