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因“k”之卡组而引起的风波平息后，新一届的海马杯决斗大赛（简称kc大赛）终于在俊也等人的暑假中迎来了开幕式。作为怪兽决斗的热衷者，俊也和神原等人理所当然的也参加了大赛。但是，在这场大赛的幕后，却有着错综复杂的事情不断发生：存放在海马财团里的另外一套“k”之卡组莫名失踪；参加比赛的决斗者在赛前不断的遭到自称“法老王”的神秘人袭击；两批来自中国的神秘决斗者和佩戴着金色手铃的埃及少年同时盯上了俊也胸前的无名碎片；名为“梅比乌斯”的千年刺客团混在比赛选手中不断向俊也等人袭来。而且，海马财团的代社长圭平竟然在几名比赛选手身上见到了十五年前的熟悉面孔和卡组…
主角简介：
高桥俊也：本书主角，十五岁，目前童实野中学三年级就读中。受到身为漫画家和职业游戏人的父亲影响，从小就喜欢看漫画和玩怪兽决斗，因此也一直没少挨母亲的大棒教育（笑）。志向是考上著名的决斗学院，然后毕业成为职业决斗者。为人强调决斗六感中的心灵交流，他使用的卡组是名为“k之世界”的超珍稀卡组（全世界限量三套发行）。
荷露斯：俊也随身携带的一块银色碎片（神谕的律法书）中被封印了三千余年的神秘灵魂，因为被俊也无意中以自己的鲜血从碎片的封印中解放出来，所以为了报恩而把俊也称为“老大”，自己则以俊也的小弟自居。
布洛克神原：俊也的同班同学，十五岁，从决斗学院中等部转学到俊也所在的童实野中学的少年。由于喜欢使用积木型卡组，所以被人称为“布洛克（Block，方块的意思，这里作‘积木’解释）神原”。其真实身份是世界ocg协会的“规则维持部”派出夺取“k”卡组的监察者之一，在与俊也的交战中化敌为友。暗恋六音，经常为了六音而敲打俊也的脑袋…本人相当的热衷于怪兽决斗和收集怪兽卡，以前曾经因为得到第二代决斗王游城十代专门制造的珍稀卡片而自豪的宣扬了将近半年。受俊也的影响，开始慢慢的执着于决斗六感中的“触觉感官”中。他所使用的卡组名为“积木王国”，在得到兄长的卡片强化后进化为“积木·天地亚神”卡组。
不动煌：俊也的同班同学和死党，十五岁，名门不动家的二少爷。虽然同样喜爱怪兽决斗，但是与出身自决斗学院的兄长不动信吾不同，他的决斗技术极差…使用的卡组是带有自闭性质的防卫卡组。
貘良六音：俊也的同学，十五岁，个性非常文静的女孩子。因为和俊也等人同样喜爱怪兽决斗，所以经常和他们混在一起。虽然表面上看起来没什么关系，但是她从名字到相貌都和从前某人死去的妹妹非常相像…她所使用的卡组是强调“决斗六感”中较弱的一环：重视听觉的音乐卡组。
貘良天音：借助神秘的银色指环的力量潜藏在六音体内，长得和六音一模一样的灵魂。虽然个性较为残忍，但是却对六音关怀倍至。她的真实身份到底是…？
海马纪纱：海马财团社长海马濑人的女儿，十四岁，俊也等人的学妹，童实野中学二年级生（现跳级三年级就读中）。个性孤傲冷漠，没有什么过于起伏的感情。因为拥有与普通人不同的奇特蓝色眼瞳和出众的白色秀发，因此被要好的同学们戏称为“白龙公主”。平时家教甚严，尤其是被父亲禁止玩怪兽决斗，所以几乎没什么朋友。因为这一段时间父亲去了埃及，照料权落到了她的叔叔圭平和负责公司事务的矶野身上，这才让她与外界有了更多的接触，同时在决斗方面的天份也逐渐发挥出来。在她身上唯一的谜团就是她那从来没有在任何人面前出现过的母亲，因为据说海马濑人似乎从来没有女朋友，更别说妻子了…她所使用的卡组叫做“海马乐园”，是圭平托佩格萨斯专门为她制作的卡组。
本篇登场配角：
海马濑人：kc大赛的主办者之一，海马财团社长兼决斗学院理事，纪纱的父亲。
歌特萨多·克里夫特：kc大赛的主办者之一，歌特萨多财团的社长，同时也是哈妮的养父兼家庭教师。总是带着一脸平和的笑容，让人觉得他很容易亲近。
不动信吾：kc大赛的主办者之一，不动集团的老板，同时也是阿煌的兄长，为人喜欢刁难人…
海马圭平：海马财团的副社长及代理社长，在兄长海马濑人游走于世界各地忙于公司业务的时候，一直是由他和他的妻子姬原由美负责打理日本总部的工作。因此上这一届kc大赛名义上是由海马濑人主办的，其实所有的事项都是由他们夫妻一手经办。现在的他因为工作的缘故，已经放下了当年由佩格萨斯专门为他制作的数码卡组很多年了。对他来说，目前平常的生活虽然紧张但也乐趣十足，唯一的愿望就是家里能再添一个健康的宝宝。
游城十代：gx的主角，第二代目的决斗王，现在是海马财团和幻影公司特聘的自由卡片设计师。因为曾经帮助过俊也，所以俊也对他很有好感，但却有一段时间根本不知道他的真正身份。作为kc大赛的“彩头”，他将被安排在决斗中心等待着与这一次kc大赛的冠军交手的机会。而他现在使用的卡组，是完全经过他自己重新制作的全新e·hero卡组。
天上院明日香：十代的同学兼爱妻，现任ocg协会·规则维持部的规则制订员。跟随着十代来到海马乐园，目前担任的是部分决斗的现场记录及资料收集的工作。
游城夜：十代与明日香的爱女，虽然年纪不大但决斗实力却极度强劲。真实身份是决斗王游城十代和天上院明日香的女儿，使用的卡组是混合了e·hero和电子女郎的电子英雄卡组。
夏克·杜朴尔：游城夜的跟班，不明国籍的西方少年，绰号“鲨鱼小正太”。外表年龄和游城夜差不多，实际年龄不详。因为“不小心”欠了小夜的人情所以“被迫”充当她的跟班，为人有着和外表不相称的老成感。卡组据说是…？
万丈目准：kc大赛的主办者之一，世界级大财团万丈目财团的代理总裁及日本分部总裁，是将万丈目财团提升到与海马财团同等地位的杰出人物。但却意外的不喜欢呆在办公室里批改文件，而是经常驾车（动用财团的财力为自己特制的纯白色法拉利，全世界仅此一辆）出去兜风，据说是为了找某人决斗。不过从他频繁出门的次数来看，每次恐怕都是他在输…
哈妮·克里夫特：歌特萨多财团的副社长，经常以一身火辣的粉红紧身装出现的女子，曾经是身为漫画家的俊也父亲的学生。由于自幼受到决斗教育，决斗技术相当出色。受俊也“决斗六感”的熏陶，喜欢把自己的战术风格称为“决斗六感中的味觉战术”，使用的卡组是pink怪兽和天使系怪兽混合在一起的天使卡组。
魂天绕：看上去只有十岁的少年，身上穿着与决斗学院制服式样相同的黑色制服，经常带着一辆银色的玩具四驱车出没在赛场附近，真实身份不详，似乎更像是某人派来的探子…
森兰丸：世界ocg协会的常务理事长，魂天绕的直属上司，身上拥有着数不清的谜团。
尤利娅：世界ocg协会的三大监察官之一，以三幻魔之一命名，绰号“神炎的尤利娅”，本名不详。
哈蒙：世界ocg协会的三大监察官之一，以三幻魔之一命名，绰号“降雷的哈蒙”，本名不详。
拉比艾尔：世界ocg协会的三大监察官之首，以三幻魔之一命名，绰号“幻魔的拉比艾尔”，本名不详。
雷鹏：为了参加这次的kc大赛而和妹妹雷燕从中国的决斗世家：雷氏宗家远道而来的少年决斗者，十七岁，为人冷静沉着，有着与常人不同的决斗方式。
雷燕：和兄长雷鹏一起从中国来到童实野町参加kc大赛的少女，十五岁，性格活泼开朗。
游南龙：一个性格孤僻的中国少年，十六岁，从小到现在没有什么朋友，只有以决斗来排遣自己的孤独，唯一的朋友是雷鹏兄妹和洪家少爷洪风翔。这次本打算跟着他们一起来到日本参加kc大赛，但是却因为洪家人的阻挠而迟来一步，几乎没能报名。后来得到海马的帮助，才得以顺利的进入大赛。他所使用的卡组名为“c·hero”，是一套能和“k”之卡组和游城十代的“e·hero”卡组产生奇妙共鸣的卡组。而这套强大到足以压制“k”和“e”系列的卡组来历，却有着一个不为人知的内幕…
苏尔·曼尼：沙特阿拉伯的决斗王，为人豪迈爽朗，擅长使用各种壶类怪兽组成的壶卡组。
龙魔天胜：参加kc大赛的决斗者，名字是化名，其本名及来历均不详，似乎曾经是上一屇全球职业怪兽决斗大赛青年组的冠军，也就是初代决斗王·武藤游戏的弟子…表面上性格冷淡，对于其他人表现出的态度总是爱理不睬的，但实际是个相当注重朋友情义的人。
天上院吹雪：在第二轮选拔赛中和俊也同样分配在一个四人小组内的男子，和身为决斗王的游城十代似乎关系相当密切。虽然年纪已经不小，但却仍然喜欢耍帅出风头，在他的身后也经常跟着一群被他所迷倒的女子，每次都让看到他的俊也等人尴尬不已。
冰狩猎：来自太平洋诸岛上的十五岁少年，日裔决斗者，性格如冰般冷漠。真实身份是千年前的神秘王族--冰狩家族的现代当家主。相传冰狩家族是守护着神秘的图画“撒旦的天使者”的世族，在家中潜藏着超越常人力量的“七魔使”，以及更强力的护卫者…
持明院草六：参加kc大赛的决斗者，名门持明院家的现任家主，是个热爱自然的环保主义者，对于海马财团长年以来因为发展而无端破坏自然的做法非常不满，因此才决定参加这一届的kc大赛，希望可以借此找到对海马财团的社长海马及副社长圭平进行劝诫的机会。因为热爱自然，所以连使用的卡组都是结合了所有动植物系怪兽的自然卡组，但也因此对于破坏自然的人类极度仇视，除了必要的接触外几乎都不怎么去理会其他的决斗者。另外，他长得和前作的某人很像…
普罗斯特·藤原：从美国而来的少年决斗者，身份不详。因为在来日本的游船上和冰狩猎相识，因此便作为临时的伙伴一起行动。经常挂在嘴边的话是“别总叫我藤原！”
洪寒水：从中国到来参加参加kc大赛的决斗者，出身自和雷氏宗家敌对的洪氏宗家，此次的目的并不是为了夺取冠军，而是奉家主之命借决斗来打击雷家兄妹，他所使用的卡组是和他的心一样冰冷的水系卡组。
洪风翔：和管家洪寒水一起从中国到来参加参加kc大赛的决斗者，身为洪氏宗家的长子负有不得不与少时的好友雷鹏一决高下的使命，他所使用的卡组是由炽烈的风和火热的炎组成的双属性卡组。
拉姆西斯·万世：参加kc大赛的决斗者，背负着曾经战胜过埃及两大决斗王安亚拉特和玛利克·伊修达尔的“最强决斗者”之名由埃及而来。在他的手上戴着古埃及皇族末裔才能拥有的“千年手铃”，指名要和前两代的决斗王武藤游戏和游城十代一决高下。
千年刺客团“梅比乌斯”成员：
罗德罗·利：自大又无能的千年刺客，目空一切的性格令人生厌，因为本领太低而只配持有邪器碎片，使用的卡组是集合了多种破坏效果卡片的破坏型昆虫卡组。
斯提鲁·卡迈罗：梅比乌斯的下级千年刺客，和罗德罗一样只配持有邪器碎片，使用的卡组是以“气球蜥蜴”为主力的爬虫类卡组。
蛟岛政：参加kc大赛的决斗者，千年刺客之一，为人阴险狠毒，拥有千年邪器“千年牙”。使用的卡组是以多种融合效果为主的爬虫卡组，主力卡是复制的三大妖神兽之一“神降的魔蛇王”。
万象娟子：参加kc大赛的决斗者，千年刺客之一，同时也是俊也的级任老师，拥有千年邪器“千年腰带”。使用的卡组是多种怪兽搜索型的兽族卡组，主力卡是复制的三大妖神兽之一“恐惧的狱象帝”。
爪田刃太：参加kc大赛的决斗者，千年刺客之一，喜欢开别人的玩笑，同时也经常是挑起现场气氛的开心果，拥有千年邪器“千年爪”。使用的卡组是以综合多种常用卡为主的兽族及兽战士族卡组，主力卡是复制的三大妖神兽之一“魔皇的黑豹神”。
火马游云：参加kc大赛的决斗者，在外人面前表现出一副温文有礼的样子，但是其真正的身份，则是千年刺客团“梅比乌斯”的最高领导者“k”…