张居正听到皇上侃侃而谈，连皇子教育的诸多细节都考虑清楚了，情知圣意已决，便按照朱厚熜的意思，上呈了一道奏疏，奏请在宫中开设上书房。朱厚熜便颁旨准行，并钦点由御前办公厅秘书兼南京国子监司业张居正任上书房总师傅。因他本兼各职的差事也很重要，不必日日入值，只需逢五、逢十到上书房考察各皇子课业。另在翰林院、国子监、京师大学堂等清要衙门选择若干品学兼优的年轻文臣任上书房师傅，轮流入值，讲授五经六艺及诸项经世致用之实学。师傅们与皇子们相见，仅以拱手为礼而不下跪，课间尚膳监送来点心，也要先请师傅们用过之后，皇子们才能用，以示尊师重教之道。
因为朱厚熜巧妙避开了“出阁讲学”这个事关国本的敏感话题，只说是要在宫中给自己的幼子们开办一所学堂，让年满六岁的皇子们入学堂发蒙读书，这件事情提出之后，并没有引起诸多朝臣的猜疑。唯有内阁学士、吏部侍郎兼掌翰林院事徐阶对张居正兼任这所皇家学堂的山长一事提出了异议，认为他年纪尚轻，又没有进士科名，恐难当此大任，建议皇上另择年高德劭的文臣总掌其事。
徐阶与张居正的师生关系，朝野内外无人不知，他这么做，无非是向皇上和同僚表现自己公正无私而已。朱厚熜照例对徐阶的建议一笑置之，而朝中两大派系的头面人物内阁首辅严嵩和资政夏言两人，固然想到了皇上可能是在为庄敬太子薨殒而未雨绸缪，却按照固有思维，认定庄敬太子之下还有年满十五岁的皇三子裕王朱载垕和年满十二岁的皇五子景王朱载墾，他日皇上若是另择储君，按照长幼之序，也该先从他们两位王爷之中选择。这两位王爷虽说还没有出宫就藩，却都确定了师傅发蒙授讲，不必入皇家学堂就读，也就不会与张居正结下师生之谊，乐得做个顺水人情，劝说徐阶不必小题大做，更无需畏惧人言。
朱厚熜向来都是说干就干，立刻在乾清门内东侧辟出五间空房，办起了皇家学堂，正门高挂匾额，其上御笔亲书“上书房”三个大字。上书房的课程设置、时间安排由朱厚熜亲自审定，无一不是参考后世小学教育的模式，德智体美样样俱全，连课间操都原封不动地照搬了过来。唯一不同的是，因为国朝如今并没有专门的体育教师，朱厚熜便命吕芳在镇抚司遴选几名侍卫兼任教官，传授皇子们武术，至于跑跑跳跳、蹴球游水，就由宫中太监们负责了。他万万没有想到，就因为这个小小的变通，却招致了不少御史言官的上疏抗谏。
原来，前朝有过先例，正是那位被史家称为“玩乐天子”的古今第一顽主明武宗正德皇帝朱厚照。史载，明武宗正德皇帝朱厚照出生于辛亥年甲戌越丁酉日申时，按照时、日、月、年的顺序去读，恰好符合十二地支中的“申、酉、戌、亥”的次序，按照命书的说法，这在命理上被称为“贯如连珠”，主大富大贵之象；加之相貌非同一般，孩提之时便颇有帝王风范；又是明孝宗弘治皇帝的嫡出独子，深得父皇宠爱，五个月大就被册封为太子，明孝宗弘治皇帝为他取名“厚照”，意思是希望他以后能够成为一代贤明之君，照耀后世。朱厚照年满九岁即出阁讲学，天资异常聪慧前日讲授之书，次日便能掩卷背诵，且好学知礼，令当时的许多大臣都为之津津乐道。唯一的缺点是生性好动，贪玩骑射。明孝宗弘治皇帝一心想把他培养成为象太祖高皇帝、成祖文皇帝两位开国皇帝一样文武兼备的旷世圣君，就对他热衷于骑射游戏颇为纵容，以致日后登基即位之后，沉湎于玩乐而荒废朝政。以刘瑾为首的“八虎”也就投其所好，以各种游戏引诱明武宗正德皇帝耽于嬉戏玩乐、纵情声色犬马，把外朝内廷搞得乌烟瘴气。因此，那些御史言官们听说皇上为龙子凤孙开设的上书房，居然要镇抚司的粗鲁军汉教授武术，还要太监们陪着跑跑跳跳、游水蹴球，岂能不愤然上疏抗谏？
朱厚熜对此十分生气：这些年里，我一直倡导加强体育锻炼，增强人民体质，在国立中小学校，乃至国子监、京师大学堂都开设了体育课，并被实践证明并不会耽误学习，反而有助于强身健体，怎么还这么多废话？才六岁大的孩子，你把他整天关在书斋里读书，能有好结果？也就不顾一直以来刻意维持的仁君风范，下旨切责了那些上疏抗谏的御史言官，还把为首的两人罚俸三月予以惩戒，这才压服了朝臣之中的非议之声。
如此大费周折地办起这所皇家学堂，可目前适宜入上书房读书的皇子只有嘉靖二十三年出生的皇十一子朱载瑞和嘉靖二十四年出生的皇十子朱载环，嘉靖二十五年后出生的皇子们还都不满六岁。朱厚熜索性就以节约人力、充分利用人才资源为由，颁布上谕，令有司衙门从勋臣贵戚、文武百官、贫寒之家的适龄孩童和福利院收养的孤儿之中，各选十人随同皇子们入上书房读书。这些幼童日常所用书本、笔墨等物皆由内廷提供，廪膳银、月例也与皇子们相同。
对于勋臣贵戚、文武百官来说，能让自家的孩子入皇家学堂读书，既无比荣耀，又能让自家的孩子自幼便结交龙子凤孙；而且，皇上如此重视皇家学堂，不用说日后定会时常亲垂顾问、考察各人学业，如果自家的孩子天资聪慧，岂不是能在幼冲之年便简在帝心，日后无论恩荫还是应科举出仕，自然前程不可限量。因此，那些家中有年近六岁的儿子或孙子的朝臣们，无不挖空心思想占据这为数不多的名额。唯有内阁首辅严嵩，因为家中只有一个三代单传的孙子严邵宽，却已经二十大几，去年还蒙恩荫授予锦衣卫千户的武职，没有机会得遇这样的浩荡天恩，心中不免有些拈酸吃醋，遂上呈密揭，言说皇上开设上书房，以孔孟圣贤之道教诲龙子凤孙，日后皇子们晋封亲王、就藩之国，定能上顺天意，下察人心，恪守祖宗家法和朝廷礼法规制，成为大明王朝倚若泰山的定国支柱，大明江山社稷必定绵延千秋万代而生生不息。但是，他担心勋臣贵戚和文武百官的孩子入上书房读书，与皇子们朝夕相处，定会结下情非一般的同窗之谊，那些孩童自幼便蒙受浩荡天恩，日后也必能出将入相。而《皇明祖训》载有明文，藩王宗室不得私自结交外朝大臣，皇子们会否利用当年在上书房同窗关系干预朝政，恳请皇上三思。
严嵩家中的情况，朱厚熜十分清楚，接到他的密揭，立刻明白了他的初衷，不禁暗笑严嵩器小，身为内阁首辅，竟然做出这种损人不利己的事情。不过，他的本意是让自己的儿子们从小便接触普通人家的子弟，了解民间疾苦，不要因为生在皇家、长在大内，日后成为骄奢淫逸、好逸恶劳的国之蛀虫；并没有想着要藉此笼络朝臣，让那些官宦人家的孩童入上书房读书，索性就顺水推舟，接受了严嵩的建议，下旨更正前谕，将勋臣贵戚和文武百官的那二十个名额全部分给了贫寒之家的孩子和福利院的孤儿。
原本名额就极为稀少，如今干脆一个都没有了，满朝文武听闻此事，无不沮丧万分，纷纷打听是哪个王八蛋在皇上面前进了谗言，将这件圣恩浩荡的事情给搅黄了。严嵩上呈的是密揭，照例直送御前，不在通政使司登记入册，按说不会被别人知道。可是，天底下哪里有不透风的墙？不出数日，满朝文武就都知道坏事的奸佞小人是内阁首辅严嵩，至于他为什么要那样做，大家也都心知肚明。不过，严嵩的理由冠冕堂皇，且有明太祖朱元璋钦定的《皇明祖训》做挡箭牌，旁人也不好上疏弹劾他妄言乱政之罪，却都在心里把他十八代祖宗都咒骂了个遍，尤其是那些家中有适龄孩童的勋臣显贵、文武大员，每每提及严嵩，无不咬牙切齿，其中还有不少严党中人，严嵩在朝野内外的威望和势力受到极大的损害。
时下正值秋收时节，身兼应天巡抚的严世蕃为了捞取政绩，又到治下各州县巡视，督促征缴当年秋赋去了。严嵩上呈这道密揭之时，没有和儿子周全商议，未免有些疏忽大意，没有想到竟会因此招来满朝文武暗生怨恨。落到眼下这个结果，真让他始料未及，但木已成舟，如今后悔也是无用，只得安慰自己：惟有孤臣方能侍奉当今皇上那样的雄猜多疑之主，任凭旁人说三道四，只要皇上明白自己一心为家国社稷做万世永固之谋的殷勤苦心，又何惧之有！
宫中设立皇家学堂，让皇子们入上书房读书的上谕传到北京，有人却不乐意了，从深宫大内寄来一封书信，同样对此事提出异议，却令朱厚熜读后不禁感慨万千……