大明王朝设有吏、礼、户、兵、刑、工六部和都察院、通政使司、大理寺等大小九卿十八衙门，还有两京一十三省、乌斯藏宣慰使司、朵思干宣慰使司等各级地方衙门，每日政务不知凡几。而明太祖朱元璋为要加强君主集权，又罢设宰相，大权独揽，这些政务便都要靠皇帝一个人来圣裁决断。史载，洪武十九年九月十四日至二十一日，朱元璋就处理诸司奏章1660件，平均日处理200多件。如此高强度的工作，即便是劳苦大众出身的朱元璋也不堪其苦，更不用说他的那些从小娇生惯养的龙子凤孙们了。因此，先有协助皇帝处理政务的春夏秋冬“四辅官”；既而“虽无相名，实有相职；虽有相职，实无相权；既无相权，却有相责”的内阁便应运而生。起初的皇帝尚且能够屈尊移驾到内阁，与内阁大学士商议政务；后来的皇帝便越来越懒，政务处理意见改由内阁**拟呈进，也很少召见大臣，沟通皇帝与内阁、大臣的重任就由太监们来承担。其后，由于皇帝优游倦政，将内阁**拟的批红大权给了司礼监，形成了内阁和司礼监双轨辅政的局面，也给宦官干政埋下了祸根。
嘉靖二十六年，朱厚熜借杨继盛进呈《流民图》被黄锦殴打一事，收回了司礼监的批红大权，增加了内阁的事权。同时，为防内阁辅臣弄权窃国，又设立了隶属自己的御前办公厅，遴选才干出众的年轻官员当秘书，协助自己处理日常政务。各部院司寺和两京一十三省的奏折公文，如果不是十分紧要，通常就先由御前办公厅当值的秘书们先看，而后发回内阁拟**呈进。朱厚熜在钤印批准之时，如有疑问，就可以咨之于自己的这些秘书。由于御前办公厅实质上是内阁之外，辅佐皇上处理国政的因而御前办公厅又被官场中人戏称为“小内阁”。那些位卑权重、朝夕侍奉御前的办公厅秘书，更被朝野内外目之为“储相”，比以前的翰林院庶吉士更引人注目。
如此叠床架屋，朝廷的运转效率其实并没有提高，但让他聊以**的是，一来除了严世蕃这个特例，御前办公厅那些科甲正途出身的青年官员们不但学识过人，最难得是步入仕途时日尚浅，未曾受到太多官场陋习的侵染，品行操守都还算不错；二来他重点培养的高拱、张居正等人都是青史留名的国家栋梁之才，尽早接触和参与军国大政，对他们日后柄国执政不无裨益。
今日朱厚熜留下了三份奏折，都是他认为最紧要的。首先被他打开的，是太医院记名医正李时珍寄自吕宋的密札。
历史上，人类的大迁徙大移动，曾经引发了不止一次的大瘟疫，比如说西班牙殖民者带去的天花、鼠疫等传染病就夺去了几千万毫无抵抗力的印第安人的生命，曾经盛极一时的印加文明从此一蹶不振。因此，去年南洋变乱，朝廷定议要派大军跨海远征、讨伐夷人，朱厚熜便亲下圣谕，命正在云贵一带“奉旨采药”的太医院记名医正李时珍率领太医院半数御医随军同行，又从福建、广东两省重金礼聘民间名医若干，为东海舰队官兵及大明海外侨胞诊病疗伤。也同样因此，方才看到通政使司转来的一堆奏折中有李时珍的密札，朱厚熜就不免紧张了起来，还以为军中发生了重大疫情，撇下其他奏折，率先打开了这份密札。
李时珍在密札中奏陈，远征军将士不服异国水土，军中突然流行一种怪病，逾千病患夜不能视物，数百位严重者手足溃烂、身体疲弱、萎靡不振。随营医官对此皆束手无策。他恳请皇上下旨征召天下能医妙方，为将士们解除病痛。同时，他还在密札之中弹劾远征军监军高拱和主将戚继光草菅人命，如此重大疫情竟然意欲欺瞒朝廷，他多次抗辩无果，不得不愤然上呈密札，奏陈君父。
还未看完李时珍的密札，朱厚熜就松了一口气，继续差点笑出声来——这不就是因为缺乏维生素B引起的脚气和夜盲症吗？就这样简单的病，朕自己都会治，让远征军将士们多吃些瓜果蔬菜、糙米粗粮就能补充所缺的维生素，还需要下旨征召天下能医妙方？
随即，他便收敛了脸上的嬉笑，心情也突然变得无比沉重起来：谁说这是简单的病？以明朝的医疗卫生水平，当然不可能知道什么维生素，难怪连李时珍这样的医国圣手都束手无策。自己不过是有其后几百年人类科技发展的积淀，也只是略知皮毛而已，有什么资格沾沾自喜地菲薄前人？而且，这么重要的一件事情，自己当初怎么就没有想到？貌似这种病症，就是当年美军在南太平洋作战时发现的，自己怎么偏偏就忘记了？大明将士远涉重洋，浴血奋战，为国家开疆拓土，可谓劳苦功高，却还要忍受病痛的折磨，这是自己的失职啊！
自责了好久，朱厚熜勉强为自己找到了开脱的理由：往昔明军根本没有一套完善的后勤供给系统，各省被征调出征的客军，军需供应由本省负责。各级地方官员和军中的粮秣官往往都要上下其手，大肆克扣军粮，为了补足运往军中的军粮数额，总是要买些糙米粗粝以次充好，甚至往米面之中掺杂大量的谷壳麦麸。军中将士吃起来如嚼沙砾，却在不知不觉中补充了所缺的维生素。这一次大军跨海远征，在自己的严厉督导下，大明王朝上上下下都对此无比重视；全权负责军需调用转运诸事的内阁资政夏言又是高拱的恩师，当然会压着军需供应总署和东南诸省将白米细面源源不断地运到南洋。既有皇上宪命；还有柄国多年的内阁资政眼睛盯着；率军出征的监军高拱、主将戚继光两人又都是朝野共知的皇上心腹，握有密折奏事之权，动辄就能把事情捅到天上去，军需供应总署和东南诸省各级地方官府衙门谁敢怠慢，又有谁敢冒着抄家灭族的风险去以次充好、克扣远征军的军粮？也就是说，上上下下都是好心办了坏事。这也情有可原——明朝人谁知道有维生素B？又有谁知道谷壳麦麸里含有大量的维生素？至于高拱和戚继光为何要隐瞒此事，大概是认为区区千余将士患病，只是一件小事，不足以惊动朝廷、污浊天听。而自己也并不是不重视这个问题——先前东海舰队在近海剿倭，自己就曾指令东南诸省沿海各州县为东海舰队置办新鲜蔬菜，保证军中将士日常所需。去年又将罐头操练了出来，并责令军需供应总署立即在南北两京和宁波、泉州等港口城市择地修建加工厂，只是建成投产尚需一段时间，目前尚不能大量供给而已……
因为牵扯到自己的心腹重臣高拱和爱将戚继光，朱厚熜没有召御前办公厅的当值秘书来记录，而是自己提起御笔，先给李时珍写了一份手札，表扬他忠勤王事、救死扶伤的职业精神，让他继续督导远征军做好卫生防疫工作。至于军中出现的那种怪病，倒可不必过于担心，一来多食瓜果菜蔬，二来三餐杂以粗粮，便能不药而愈。
接着，他又给高拱、戚继光写了一份手札，严厉斥责他们不遵从自己曾经说过的“军中一应医事，应悉数听从李先生的安排调度，任何人不得干涉”的上谕，瞒报军中重大疫情。日后但有类似情事，必须即刻奏报，违者严惩不贷。并着令他们会商南洋宣慰使司衙门，指示吕宋国提供大量瓜果菜蔬，务必在休整期间治愈军中病患——跨海远征不同于当初东海舰队在近海剿倭，若是从国内转运新鲜瓜果菜蔬，不但劳时费力，且路途遥远，等运到吕宋，少说也有一大半都腐烂了，还不如就在当地采办，照价给值，所需开销从吕宋国岁贡五十万两白银中扣减便是。同时，自己将责令军需供应总署给远征军调去一部分粗粮，此举并非朝廷拿不出那么多的白米细面，更不是有人故意克扣军粮，而是为着军中将士们的健康着想，他们要认真做好解释工作。
有御前办公厅的众多秘书朝夕侍奉左右、伺候文墨，朱厚熜已经很少自己提笔写字了。今日一口气写了两封手札，不免觉得手腕酸困，搁下笔，双手交叉，活动手腕和十指，同时心中慨叹不已：当年被老师罚抄三十遍、五十遍的作业，也视若等闲、一挥而就。如今才写这么区区数百字，就成了这个样子，真是养移体、居移气啊！人的惰性固然难以抗拒，可自己身为一国之君，一点疏忽大意，就会误国误军，这次的事情就是一个教训啊……