激烈的海战从午后一直持续到了傍晚时分，佛朗机舰队被全歼于苏比克湾，一百二十余艘战舰有八十余艘沉入大海，其余三十余艘被俘；三千多名佛朗机海军官兵绝大多数葬身于血与火的海洋，只有不到五百人或自动弃械投降，或落入海中，被打扫战场的大明海军东海舰队俘获，其中有舰长二十七名、舰长以下军官八十六名。
令高拱和戚继光遗憾的是，未能生擒佛朗机舰队司令佩特罗海军上将——这位曾纵横五大洋、身经数百战的海军统帅在人生最后一刻表现出了无愧于自己上将军衔的军人荣誉感——在旗舰被击沉之后，他拒绝接受副官让他上小船逃回马尼拉港的请求，也不肯接过大明海军兵士抛过来的绳索，反而松开了手中的木板，让自己沉没到了那片充满“东方波塞冬之怒”的死亡海域，和自己所带来的一百五十多艘战舰、近五千名海军官兵一样，永远地留在了葡萄牙王国垂涎已久的东方。
大明远征军东海舰队的损失也不小，有近二十艘主力战舰被击沉，另有四十余艘程度不同地受了伤；三百七十二位将士阵亡，伤者有一千二百余位。好在如今的大明军队都设有医营，远征军医营除了有本军的医护兵，还有皇上钦命增补到军中的诸多名医。一部分是从福建、广东两省重金礼聘民间名医；另一部分是太医院的“御医”，由太医院医正李时珍带队，随军从征。有这些名医在，相信伤员很快就能康健如初，再度驰骋疆场、为国效命。
尽管遭受了不小的损失，但与全歼夷人庞大舰队的辉煌战果比较起来，就显得微不足道了。远征军数万将士士气高涨，无不摩拳擦掌，要乘胜进军，一举拿下吕宋王国国都马尼拉城。高拱和戚继光遂命舰队扫雷艇全部出动，连夜清理苏比克湾水雷阵。天公作美，当夜月光明亮，海面上又有不少敌舰还在燃烧，扫雷速度进展很快，到了次日午后时分，就把航道清理了出来。
一俟航道清理完毕，匆匆休整了一夜的大明远征军留下己方损伤的船只和被俘的佛朗机战舰，其余二百余艘大小战舰和运兵船一同张起风帆，分成多路纵队，浩浩荡荡杀奔马尼拉港。
如此迅疾出兵，一则军心可用，正宜乘胜追击；二来也是因为远征军得知了一个天大的好消息：
昨日大战骤起，远征军几位将帅高拱、戚继光和徐渭等人心中便泛起了一个疑问：夷人何以如此迫不及待，要主动发起这样明显无望的攻击？
自苏比克湾海战惨败于大明海军的水雷阵之后，佛朗机舰队已龟缩马尼拉港一月有余，若是已然参悟透了水雷奥秘，找到了破解之法，率先发起这样的攻击还说得过去；可是，从大战进程上来看，他们根本对此还是一无所知、束手无策。以战舰硬闯水雷阵，还要硬撼兵力火器明显强于自己且以逸待劳的大明海军，即便能杀出一条血路突围而逃，伤亡也定会十分惨重。驱使麾下将士打这种绝户仗，统军大将莫不是得了失心疯？
到了佛朗机舰队执行德尔塔计划，发炮攻击自己的盟友吕宋水军之后，参谋长徐渭敏锐地判断：佛朗机人和吕宋王国之间一定发生了什么龌龊。否则的话，他们绝对不会做出这种背信弃义的疯狂之事！
经过连夜突击审讯被俘的佛朗机舰队军官，从佩特罗海军上将的副官那里得知，此前一直被他们居为奇货的荣王千岁，数日前被身份不明的人救走。手里失去了这张王牌，佩特罗海军上将担心明国海军若是知悉这个消息，势必会进击马尼拉港；更担心明国海军大军压境，原本就首鼠两端的吕宋王国会临阵倒戈，与明国海军夹击佛朗机舰队。为了不致整支舰队全军覆没于马尼拉港，佩特罗海军上将不得不仓促发起了进攻。同时，为了迷惑吕宋王国，德尔塔计划只限于各舰舰长知道，连东亚总督卡西亚诺都被蒙在鼓里——卡西亚诺总督大人和吕宋王国国主拉坎都拉陛下都以为，联合舰队的进攻只是一次出击，佩特罗海军上将若是不能战胜明国海军，还会率舰队退回马尼拉港，与他们一起死守马尼拉城。殊不知，对于佩特罗海军上将来说，没有什么事情能比得上舰队被敌国海军堵死在港口里关门打狗更让他无法接受。为此，他宁愿承受卡西亚诺日后将他告到葡萄牙女王陛下那里——如果卡西亚诺运气足够好，能够逃脱明**队的炮火以及明国zf的惩罚的话……
高拱和戚继光等人自然知道，救走荣王千岁的那些“身份不明”的人，不用说一定是高镇东、谢宇翔两位太保爷和他们手下的镇抚司校尉，当然其中还少不了从东海舰队陆战队精选出来的那些健锐军卒的功劳。秘密战线已然奏功，正面战场岂能落于人后？佛朗机舰队全军覆没、吕宋水军损失也着实不小，不但远征军当面已是一片坦途；放眼整个南洋海域，再也没有拿得上台面的势力可以与大明海军一较高下。更为关键的是，那些逃逸而去的吕宋水军官兵亲眼目睹了佛朗机舰队背信弃义，向盟友开炮攻击，势必军心大乱。他们把这一消息带回吕宋，兴许真会出现佩特罗所担心的“原本就首鼠两端的吕宋王国会临阵倒戈”的情况，那就能不战而下马尼拉城。战机如此难得，为防久而生变，当然要贾足余勇，穷追仇寇！
龟缩在马尼拉港里的那一个多月里，为了防备明国海军偷袭，佛朗机舰队司令佩特罗海军上将也算是费尽心思，督促吕宋王国水军用小船和巨木在港口外如陆上建营垒般扎了一座巨大的水寨不算，还在港口外围的海岛的礁石上，修建了百余个烽火台。烽火台上，昼夜有人监视。一旦外海有警，片刻之内，所有驻扎在城里的吕宋王国兵士都会倾巢而出，从岸上的炮台甚至堤坝上发射火炮和床弩，协助港口驻泊的战船打退来犯之敌。
可是，今天，外围海岛上的几个烽火台同时进入了沉睡状态，直到大明海军舰队已经逼近了水寨的外围，都没发出半点反应。
吕宋王国这一反常的举动，倒把大明远征军将士们给弄糊涂了，戚继光和徐渭这两位堪称军事奇才的名将也无法猜到吕宋王国葫芦里到底卖的是什么药，不得不接受了陆战一师师长曹闻道的求战之请，同意他派出陆战队兵士摸**岛查探究竟。
出征半年之久，包括昨日那样激烈的大战，自己和麾下万余将士都只能作壁上观，让曹闻道好不憋闷，请得将令，转身就走。等到戚继光想起来应该给他追加一道将令，不许他以师长之尊以身犯险的时候，他已经上了一艘被改装成冲锋舟的平底浅帮乌延船，箭一般地朝着海岛疾驰而去。
好在大家并没有替他担忧多久，曹闻道便回来了，人还没有上船，声音倒先传了过来：“都他娘的跑光了，连个鬼影子都没有！”
众人哄笑起来——其实，陆战队兵士登岛之后，一枪未开，不少人已经猜到那些烽火台上早已空无一人，就等着看乘兴而去败兴而归的曹闻道那乌眉灶眼的样子。
当面的水寨仍是毫无动静；再看马尼拉港，两百多条战船也是静静地停泊在港湾之中。难道说，驻守水寨的兵士连同吕宋水军也“都他娘的跑光了，连个鬼影子都没有”吗？
放下望远镜，戚继光说：“传令，各舰舰炮齐射吕宋水寨。”
众人看得分明，那座横亘在大明海军入港之道上的水寨只是用小船和巨木连接而成，放上一把火就能烧毁，何需炮击？高拱忍不住打趣戚继光说：“昨日对阵吕宋战船，你尚且要为朝廷节省炮弹使费；今日为何这般阔绰？”
戚继光笑道：“昨日不待我军与佛朗机舰队鏖战一处，吕宋水军便已逃之夭夭，未能亲眼目睹我大明海军之军威。不让他们见识见识，他们便不晓得原来马王爷竟长着三只眼！”
高拱摇头笑道：“欲要扬刀立威，港中还驻泊有数百条战船。拿分明已无兵士把守的水寨开刀，岂不胜之不武？”
戚继光说：“闻说朝廷有意要设立南洋宣慰使司。愚弟以为，既然开府异域、宣慰西番诸国，手中岂能无兵无船？那些战船虽难堪大用，巡防沿海、对付海盗总也聊胜于无。愚弟万不敢逞一时之快，将它们都尽行毁去。”
“说的好！”高拱击节赞叹道：“不谋万世者，不足以谋一时；不谋全局者，不足以谋一隅，元敬真有古大将之风！”
“肃卿兄谬赞，愚弟愧不敢当！”戚继光涩涩地一笑：“愚弟出身登州，受够了有海无船、缺兵少械的苦楚。当年我登州卫若有如许战船，岂容倭寇肆虐大明海疆？”
高拱也不由自主地回忆起了当年之事，感慨地说：“愚兄记得，你当年演练给我看的鸳鸯阵，兵士手中还持有毛竹。谁曾想，只短短七八年时间，我大明竟建立起了如此强大的水师，扬威异域，威震四夷！这皆是吾皇圣明天纵、孜孜求治之功啊！”
戚继光也象高拱一样拱手抱拳，向天一揖，感慨地说：“生逢盛世、得遇明主，此乃我辈人臣之大幸！”