南京东连钟山，西据石头，南接秦淮，北带玄武，其历史可以追溯到春秋时代的吴越争霸，越王勾践灭吴后，令越相范蠡修筑越城于秦淮河畔，为南京最早的古城。自三国东吴政权而始，有东吴、东晋、宋、齐、梁、陈六个朝代在此定鼎建都，故有六朝古都之称。
元时，这里被称为集庆。元至正十六年（公元1356年），时称吴王的朱元璋亲督众将从水陆两路攻克集庆，将其改称应天府，扩建旧城，修筑宫殿于钟山以南，并以此为根据地，征战四方，争霸天下，历时十二年，先后灭掉陈友谅、张士诚、方国珍、陈友定等豪强，直至北伐灭元，建立了大明王朝，将应天府改称南京，定为首都；以开封为北京，定为陪都，由此始有“南京”之称。
六朝古都南京有着长达几千年的悠久历史，素有“北地胭脂，南朝金粉”之美誉，衣冠文物，冠绝江南。两百年的国都地位，使这块六朝金粉胜地越发显得繁华昌盛：全城合计有里城门十三、外城门十八，穿城四十里，沿城一转有一百二十多里。城里有大街几十条，小巷几百条，都是人烟稠密，金粉楼台。大街小巷，乘轿子的、骑马跨驴的、步行的人熙来攘往，终日不绝；街道的两边密密麻麻布满了房檐不高，门面宽敞的店铺，来自四面八方的客商就站在房檐下高声叫卖，讨价还价，即便不看那些店铺的招牌，只从他们的叫卖声里就能知道，无论是西北两口的稀罕皮货，还是东西两洋的舶来品，或是南边蛮荒瘴夷之地的各种稀罕物事，都能在这里觅得。谁也没有统计过全城到底开设有多少家店铺，只知道单是大小酒楼，就有六七百座；此外，南方人嗜好饮茶，全城的茶社竟有一千多处，家家高朋满座，人声鼎，笙歌盈耳，香气四溢。到了晚间，两边酒楼茶社都张挂起了明角灯笼，每条街道上足有几千盏，照耀的整个街道亮如白昼一般，夜行的路人不需要打灯笼，也绝对不会有任何一处显得幽深阴暗。更不用说城里那条天下闻名的秦淮河，水满的时候，画舫游船穿梭其间，箫鼓乐声昼夜不绝，把这个江南最大都会的文物风流，渲染到了无法用笔墨来形容的极致……
如果说，作为一个王朝的都城，南京在过去的各朝不过是偏安一隅的局部性政权的中心的话，那么，从明朝开始，南京便正式成为全国的政治、经济、文化中心。由于这里是明太祖朱元璋钦定的国都、太祖陵寝所在，龙脉之所出的安徽凤阳距离这里也不远，即便是明成祖朱棣篡夺了侄儿建文皇帝的天位，将都城迁到了自己的“龙兴之地”北平之后，出于对祖宗的尊重，仍把南京定为留都，至少在名份上，保留了南京特殊的政治地位。除了内阁之外的一整套zf班底，如宗人府、五军都督府、六部、都察院、通政司、大理寺、翰林院、国子监等等，凡是北京有的，南京也是一样都不缺。
中国古代的都城，通常都会采取方形规制，将宫城设置于中部偏北的旧制。唯独明初修建的南京城，既要占据钟山的“龙头之前”的风水宝地，又要军事防御的现实需要防守，便依照周边山水之势筑城，把建康故城、南唐金陵古城、石头城和历代作为州府治所修建的几座小城都囊括在内，作为外廓城。所以，南京城从内到外辐射，分为宫城、皇城、京城、外廓城四层，可谓集历代城池之大成，整座城市也呈南北长、东西窄的不规则形状。同样，南京的宫城也位于城东的正阳门内。
始建于明朝洪武初年的宫城，南北长5里，东西长4里，呈四方形。宫城之内，以承天门为界，门以北便是紫禁城。穿过端门、午门走进去，迎面依次耸立着“奉天”、“谨身”、“华盖”三座大殿。东西两侧分别是“文华殿”和“武英殿”，以及附属的“文楼”和“武楼”，这是皇帝接受文武百官朝觐和举行大典的地方。三大殿以北，一直到后宰门，则是许多名称各异的宫殿，还有一座御花园，被统称为“后廷”，皇帝后妃日常生活起居都在那里，由明代而始，被称为“紫禁城”。
皇宫为何被称为“紫禁城”，有三种说法：一说是因为传说中天帝居于天上的紫宫，皇权神授，地上的皇帝作为“天子”——天帝的儿子，因而居所被称为“紫禁城”；一说是取“紫气东来”中的“紫”字，以祥瑞云气象征天家威仪；还有一说，周天分为三垣二十八宿，其中紫微星垣在三垣的中央，是代表天帝的星座，皇帝受命于天，“太平天子中央坐，清慎官员四海分”，皇帝的居所自然就该被称为“紫禁城”。南北两京的紫禁城布置完全一样，这也毫不奇怪，概因北京的紫禁城，原本就是按照南京宫城的蓝图兴建的。
在宫城的南面，一条宽广的御道从承天门外的五龙桥，笔直地向着宫城的正门——洪武门伸展开去。御道的东侧，分布着除刑部之外的吏、户、礼、兵、工五部和宗人府，还有鸿胪寺、钦天监和太医院等；御道的西面则是名义上的最高军事机构——五军都督府，以及锦衣卫、通政使司、太常寺等衙门的所在地。这一点，就显得要比各大衙门分散在各处的北京皇城更为整齐规范一点。原因无他——北京的皇城，是利用了元朝大都的旧城扩建而成；而南京的皇城，则几乎是在一片空地之上，由明太祖朱元璋亲自精心设计，由被百姓口耳相传几乎成半人半神一样的“神机军师”刘伯温规划，动用百万军民，历时21年修建而成的。
这偌大的一座宫城，作为皇权至高无上的象征，在明太祖朱元璋定都南京的当年，自然是庄严神圣，壮丽非凡的。然而，自从明成祖朱棣迁都北京之后，这里极少有接待皇帝巡幸的机会，经历了近两百年的闲置岁月，不免荒废失修，不复有昔年的威严气象了。就连那些一直有官员派驻的衙门，也只有几个部的门堂还算整齐，大部分都是任凭墙垣倾塌，荒草萋萋而无人过问。至于掌管皇族事务，正副堂官宗人令、左右宗正、左右宗人都是正一品的宗人府，更是因为吏部接管了它的职权，倒塌得只剩下几根门柱了。
嘉靖二十三年，江南叛乱，造逆的勋臣达官为了争抢拥戴之功而发生内讧，这里还曾遭受到前所未有的兵火浩劫，包括紫禁城在内的南京皇城也被烧得几乎成了一片白地。幸好在迅速平定了内讧，拥立建藩江西的益王朱厚烨为监国，建立了伪明政权之后，为了标榜正统，凝聚士心，伪明政权不惜耗费国帑，尽发南都及周边州县的青壮民夫日夜赶工，大兴土木，整修宫殿、官署，使原本凋敝残破，又遭受兵火浩劫的帝王之居和百官衙署在很大程度上恢复了旧观，重新显现出了昔日庄严宏伟的王者之气，南京紫禁城更成为了监国益王朱厚烨的燕居之地。
其后的嘉靖二十四年，刚刚从鞑靼围困京师的危局中解脱出来的朝廷——也正是此前被全天下人视为大明正朔，却突然被同为朱明子孙的一干藩王宗亲和诸多勋臣显贵抛弃的北京zf，倾全国之师南下平叛，以迅雷不及掩耳之势连克徐州等一系列重镇，又强渡长江天堑，从水陆三面包围了南京。把持伪明政权的勋臣魏国公徐弘君、信国公汤正中和诚意伯刘计成等三位谋逆首犯遁逃，益王朱厚烨以下，伪明政权的一干犯官罪员及叛军将士去冠卸甲，自缚请降，王师兵不血刃，克复南都。南京再次回归朝廷的掌握之中，这座历经两百年风雨的南京紫禁城，也因为它的主人远在千里之外的北京，再次陷入了宁静孤寂之中。
不过，正如这些年来动荡不安的朝局和剧烈变幻的社会一样，这种宁静孤寂注定不会持续多长时间，到了嘉靖二十九年五月份，就再次被打破了——一场声势绝对不亚于当年伪明政权的全面修缮工程，在宫城里紧急地施行起来。在长达一个多月的时间里，一队又一队的骡马大车从四面八方调集到这里，把满载的砖瓦木石运进宫门，又把堆积如山的各种垃圾废旧运了出来。宫城的几个侧门，终日进出着成群结队的太监、军士和工匠，他们各自在领班的驱使下，汗流浃背地忙碌着，显出疲于奔命的样子，使古旧而沉寂的城区，平添了一派紧张和慌乱……
原来，当今天子、御极天下已经二十九年的嘉靖皇帝，就要驾幸南京，拜谒祖宗陵寝了！
也就是说，这座庄严肃穆的宫城在经历了无数的风雨之后，终于迎来了它真正主人！