时内阁最终还是通过了“第十三条”，而这全部的十被众人一致认可，成为临时内阁的施政准则。当然，在正式生效之前，还需要得到皇上的认可，而事实上，临时内阁已经在李彦的强调下，开始运用这十三条，处理当前需要处理的事情。
“十三条”也确立了内阁集体决策、首辅负责、次辅分工的运作方式，临时成员就包括目前的五个人，一致推举孙承宗为内阁首辅，其他四人为次辅，并讨论划分各自的分管范围：孙承宗统揽全局，并分管通政司、翰林院、詹事府、国子监，原内阁大学士朱延禧分管都察院、礼部、六科；原吏部尚书崔景荣分管吏部、工部；原兵部尚书赵彦分管户部、大理寺，李彦则领兵部和刑部。
所谓六部九卿，最重要的就是礼、兵、工、吏、户、刑六部，以及通政司、都察院、大理寺，李彦领了兵、刑两部，其它卿寺概不插手，在五人中权柄并不重。当然，兵、刑两部又相对比较敏感，掌握着国家暴力机构，不过重大决策都需要内阁集体通过，李彦也不能借此胡作非为，李彦也由他的优势，那就是在辽东的辉煌战绩，拥有练兵经验，并提出他的施政方针，在未来五年之内，对大明军队进行整编，使其更具有战斗力。
至于刑部，李彦坦白告诉孙承宗等人，之所以想分领刑部，是因为他想限制刑部的权力，按照李彦的想法，刑部权力过大，既能勘问案情，又能审理定罪，刑部、大理寺、都察院权限又存在重复，他认为刑部只能勘问案情，断案之权属于大理寺，刑部无断案权。
事实上，历代封建王朝设置大理寺，目的就是与刑部形成审理与复核监督的关系，都察院主要起到监督的作用，李彦提出勘问与审理分开，刑部只管勘问，大理寺负责审理，都察院进行复核，看上去确实比较合理，又是削刑部权，而重大理寺和都察院，他所表现出来的大公无私，也让其他人感到认可。
最终，临时内阁还是通过了三法司权力地调整和分配，刑部管勘问，大理寺负责审理，都察院提请审理并复核，也即是刑部勘问以后，将案件转给都察院，都察院根据案情提请大理寺进行审理，并对大理寺的审理结果进行复核，如果认为并不合理，可以继续抗诉。
这个程序，在孙承宗等人看来，似乎比较麻烦，李彦却坚持这样设置，他认为依法断罪，事关重大，轻率不得，这个原则必须要定下来。
这样做对李彦来说，并没有好处，孙承宗等人已经认可他是一心为公，最终还是表决通过，但又对具体的分工进行了调整，以崔景荣领刑部，李彦领工部，毕竟刑部即便在削弱之后，也掌握勘问拿人的权力，而李彦在辽东发展工矿和农业的成绩也很瞩目。
李彦对此也没有在意，众人达成共识，就形成文字，送进内宫给皇上审阅，当然在表述上，会比较艺术，并非是诸人表决，而是举荐、推举，朱由校虽然出面接见他们，知道京城局势稳定，也只是略微点了点头，似乎不太感兴趣。
经过张皇后的开导，朱由校的情绪似乎已经渐渐稳定，看他满头大汗的样子，似乎刚才正在干活，估计是借此排解心中的悲伤。
虽然并非刻意。如今地皇宫都在李彦地控制当中。皇宫内地任何动静。朱由校地一举一动。李彦都能了如指掌。邵荣刚才已经简单告诉他情况。朱由校确实是在干活。而且是木工。
李彦与孙承宗等人不同。他并不反对朱由校做这些事情。作为一个后来者。他更觉得世袭制地国家元首并不需要。也不应该过问具体地政务。就遴选行政首脑来说。家族世袭制显然不如在更广泛范围选择更好。
而此刻他也只能同孙承宗等人一起。请求皇上亲政。朱由校对此明显不感兴趣。勉强应下地同时。以身体不适为由。让内阁按照十三条所说。处理朝政。有事再行禀奏。
朱由校地态度。孙承宗等人明显不能认同。李彦却是送了一口气。这十三条虽然没有说限制皇权。但真正执行起来。却是这样地效果。事实上。李彦对新政地期待。也是从限制皇权开始。朱由校眼下对权力不感兴趣。正好让他有施展地空间。
在朱由校批复以后。十三条终于就此生效。临时内阁也以极快地速度发出这道圣旨。
通政司和邸报下达给各衙署和地方。
当然，十三条的规定在李彦看来非常重要，但是在很多人看来，也不过如此，除了废除司礼监、票决制之类有些新意，其他一些原则，都能在大明律中找到依据。当然也有人能从中看到不同，受到这个时代的局限性，这样的人还是比较少。
在外面地人看来，最大的变化还是内阁和六部九卿地调整，内阁首辅孙承宗，次辅朱延禧，兼领礼部尚书；崔景荣、赵彦、李彦都晋身内阁大学士，崔景荣兼领吏部尚书；赵彦兼领大理寺卿；李彦领兵部尚书。
六部尚书入阁为大学士，在明朝也有先例，除此以外，为阉党陷害的杨涟为左都御史、左光斗为右都御使，二人领旨审查阉党一案。
与过去不同，内阁发文要求都察院查案，必须要根据律法和证据确定相应罪名，由刑部协助勘问证据，然后交给大理寺审问定罪，而不是像过去那样，拿到朝堂上疏弹劾。
那些阉党官员已经被先行拿下，如何定罪可谓全国瞩目，明眼人从这件事当中都可以发现一些明显地变化，特别是得到李彦支持的华夏社正式复刊，回到京城以后，每天都会就京城形势进行报道，并配发社论。
应该说华夏社拥有一批素质比较高，思想比较开明地读书人，在这次政变中，也有大量华夏系的官员被起复重要，所以他们对朝中的变化，大致持比较积极的态度，特别是“十三条”，以及这一次对阉党的审理，评价都比较正面。
李彦也以匿名的方式给华夏社投稿，他在文章中特别强调了“依法治国”和“程序正义”这两点，指出魏阉之所以能够乱国，关键就是大明律无法约束魏阉的行为，而魏阉通过并不合乎程度的中旨，扰乱朝政，因而只有“依法治国”，并且严格程序要求，才能杜绝“魏阉乱国”这样的事情再度发生。
这篇文章的观点并不算激进，却也在石柱国的配合之下，由此成功地带动了关于“依法治国”和“程序正义”的讨论，引起天下读书人对于正在审理中的阉党案的关注。
对杨涟和左光斗来说，如今身为都察院左右都御使，可谓大权在握，由他们来审查阉党一案，可谓深入人心，杨涟甚至伤还没有好，趴在床上就写了几份奏疏，罗列魏忠贤三**罪状，送出去以后，很快让临时内阁打了回来。
内阁拟定的批复是：阉党有何罪责，盖有都察院审查，然后报大理寺审问定罪，大理寺审问定罪以后，若都察院没有异议，即可定罪执行，并报皇上批复。断案为大理寺之责权，都察院有复核权，重刑犯需报皇上、内阁批复，皇上、内阁认为不可的，可发还大理寺重审，如果大理寺、都察院和皇上、内阁之间有分歧，需召集三法司、内阁共同会审，票决结果，并为最终判决。
对于这个批复，杨涟和左光斗都有些不满，也很惑，通常来说，都察院拥有风闻言事之权，这个批复无是让都察院的职权性质发生变化，一方面限制了言官的权力，不能因为风闻，就定人罪行；同时又相应增加了言官的权力，说过去都察院只能就刑部、大理寺审理的案件结果提出问，如今所有的案子都需要都察院参与，都察院成为刑部与大理寺之间的一个重要环节。
一开始，杨涟和左光斗并不理解这样做的原因，甚至还有些抵触，认为这是侵犯了言官“风闻言事”的权力，然而当他们看到《华夏时报》上面李彦的文章，以及华夏社的评论的时候，才意识到在这个事情中，都察院的角色确实与过去不一样了。
就审查阉党这件事来说，都察院获得很重要的权力，最终还是在刑部的配合之下，整理阉党成员的罪行材料，根据这些材料，拟定阉党的罪行，然后交给大理寺进行审理。
大部分言官并没有觉得不妥，因为证据搜集主要还是刑部的事情，而从材料中去整理罪行，则是他们更为擅长的事情。
但是在审理阉党的过程中，言官在其他方面的一些奏疏，也给类似的批复给打了回来，言官们这时候才逐渐发现，不仅仅是审查阉党这件事，好像他们的工作性质，也已经发生变化。